segunda-feira, 10 de junho de 2013

A origem da vida

Por: Matt Ridley Traduzido e adaptado por Paulo Andrade

Ecos eletroquímicos de membranas biológicas em fontes gasosas alcalinas submarinas
Que melhor assunto para um novo ano do que a origem da própria vida? Um novo estudo afirma ter finalmente identificado as condições, localização e caminho pelo qual a vida começou, cortando assim dois nós górdios.
Nó no. 1: é o velho paradoxo do ovo e da galinha em relação à demanda de energia. Os seres vivos consomem energia num ritmo furioso para permanecerem vivos. Toda vez que uma bactéria se divide, ele usa até 50 vezes a sua própria massa em moléculas de “moeda de energia” (chamadas ATP), mesmo quando dispõem de um moderno maquinário proteico, eficiente e especializado para fazer o trabalho. Ao iniciar-se, a vida deve ter sido um processo envolvendo muito mais desperdício de energia, mas seguramente não dispunha de qualquer dos recursos modernos para aproveitar ou armazenar energia.
Nó no. 2: é a entropia. A vida usa a energia para colocar ordem no caos. Então, a localização preferida da ” sopa primordial” do evolucionista Alexander Oparin ou a "poça morna" de Charles Darwin, adicionada de alguns relâmpagos,  é excessivamente livre, do ponto de vista da conservação da entropia: a vida tenderia a se desmanchar antes de poder realmente tomar ímpeto para prosseguir.
Antes da célula existir, a vida precisava de um fornecimento controlado de energia concentrada em um espaço confinado. Comparando as sequências de genes chegou-se  à conclusão de que na raiz da árvore genealógica da vida encontram-se as bactérias e arqueobactérias (criaturas unicelulares, como bactérias) "quimiosmóticas" . Estes microrganismos efetivamente carregam suas baterias eletroquímicas pela conversão de dióxido de carbono em metano ou no composto orgânico acetato.
Onde elas se originam? Em 2000, exploradores encontraram aberturas (ou fontes) no meio do Atlântico, no campo hidrotermal conhecido como Cidade Perdida (ver também http://astropt.org/blog/2010/02/23/cidade-perdida/), que eram muito diferentes das bem conhecidas fontes de água profunda, quentes e ácidas, os "fumadores negros": elas permanecem muito mais tempo em atividade, são altamente alcalinas e modestamente quentes.

Fonte hidrotermal em água profunda (fonte: ttp://www.sciencedaily.com/releases/2008/01/080131151856.htm)

Agora Nick Lane, da University College London e William Martin, da Universidade Heinrich Heine em Düsseldorf, na Alemanha, concluíram que este ambiente traz ecos misteriosos do método de armazenamento de energia da vida.
As células armazenam energia por bombeamento de íons carregados, geralmente de sódio ou de hidrogênio, através de suas membranas, efetivamente criando uma tensão elétrica (em geral de menos de 100 mV). Esta é uma característica peculiar, mas universal, da vida e cuja onipresença nunca foi explicada. Os cientistas acreditam que este mecanismo foi originalmente tomado de empréstimo das fontes termais submarinas, como as da Cidade Perdida.
Quatro bilhões de anos atrás, nestas fontes, um fluido alcalino quente rico em hidrogênio encontrou oceanos ácidos saturados de dióxido de carbono. Isso teria gerado um gradiente natural de prótons através das finas paredes de ferro-níquel-enxofre das fontes, com uma tensão ((diverença de potencial ou voltagem) muito parecida com o potencial de membrana dos modernos microrganismos quimiosmóticos. Os autores escrevem: "Em nossa opinião, e dada a quase universalidade dos gradientes de prótons nos seres vivos,  isso não é coincidência."
Os microrganismos que hoje habitam estas fontes hidrotermais utilizam gradientes de prótons para adicionar elétrons a uma proteína chamada ferredoxina, que por sua vez converte o dióxido de carbono em moléculas orgânicas necessárias para o crescimento do microrganismo. As rochas que formam as fontes estão cheias de microporos interconectados, onde estes produtos químicos orgânicos poderiam no passado ter-se acumulado, alguns deles inclusive acelerando (catalizando) ainda mais as reações necessárias à formação do gradiente de prótons.
Os Drs. Lane e Martin têm uma sugestão engenhosa para explicar como a vida restrita a um ambiente bioquímico nas paredes das fontes tornou-se finalmente  vida livre. Um gradiente geoquímico de prótons poderia impulsionar uma bomba bioquímica de íons sódio, permitindo então que uma membrana pudesse excluir sódio, formando desta vez um outro mecanismo de armazenamento de energia elétrica que teria sido muito mais confiável e presente nas primeiras membranas que se fecharam para formar células. Isso explicaria por que muitas proteínas primitivas envolvidas em gradientes eletroquímicos e na geração de energia usam tanto sódio como hidrogênio (prótons), indiscriminadamente; isso explicaria também porque todas as células vivas têm menos sódio no seu interior do que a água do mar.
Com efeito, as reações de energia que acontecem quimicamente em fontes hidrotermais alcalinas foram tomadas emprestadas  e aperfeiçoadas por células vivas, e é por isso que há tantas semelhanças químicas hoje entre as células.

Veja também comentários sobre o artigo de Lane & Martin em http://www.nature.com/news/how-life-emerged-from-deep-sea-rocks-1.12109


O artigo completo pode ser acessado em  http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867412014389  (acesso apenas para usuários dentro das universidades públicas do Brasil ou assinantes cadastrados).

domingo, 26 de maio de 2013

O problema do DNA circular ao fim da replicação

Como comentado em sala de aula. A organização dos genomas na forma de DNA fita dupla circular resolve o “problema da ponta”, que nos eucariotos é resolvido pelas telomerases. Mas cria outro problema, desta vez topológico: algo acontece com as duas fitas recém replicadas, que precisa ser resolvido pela ação de uma enzima específica. No link http://en.wikipedia.org/wiki/Circular_bacterial_chromosome há uma excelente descrição de todo o processo de duplicação de um cromossomo circular bacteriano e a discussão da ação da toposiomerase tipo IV, que resolve o tal problema. Que problema é este e como a enzima o resolve? É só ler o site com cuidado e a resposta está dada. 

sábado, 25 de maio de 2013

Cuidados na leitura do Griffiths.

Por incrível que pareça, o experimento de Avery e seus colaboradores, publicado em 1944, aparece ilustrado (Figura 3 do capítulo 7 de várias edições) como se tivesse sido feito com... camundongos!! Que barbaridade! E isso aparece assim em dezenas de sites da internet. Portanto, todo cuidado é pouco. No original do artigo, que vocês podem acessar através da página comemorativa da Nature quando dos 50 anos da descoberta da estrutura do DNA (http://www.nature.com/nature/dna50/archive.html), as tabelas III e IV mostram claramente que o experimento foi feito empregando placas de Petri a avaliando a morfologia da colônia das bactérias não-patogênicas e das transformadas (patogênicas) com DNA.

Num site português, a autora (na época estudante) postou um pequeno texto e uma imagem muito boa. O link para o site é http://filipaafonso-biogeo.blogspot.com.br/2008/10/experincia-de-oswald-avery-1944.html e a figura está abaixo. A representação, ainda assim, não é exata em relação aos experimentos de Avery e seus colaboradores. Para ler a figura, lembrem-se que as bactérias infectivas, por terem um componente a mais na cápsula, formam colônias lisas e as atenuadas (ou não patogênicas), denominadas R por Avery e cols., formam colônias rugosas.





quinta-feira, 23 de maio de 2013

Animações recomendadas

A lista de animações recomendadas deve aumentar ao longo da disciplina. Por enquanto temos estas abaixo. Nenhuma é isenta de erros, em parte porque se os autores tentam adicionar todas as informações e detalhes, as imagens acabam "poluídas" de tanta informação. Ainda assim, as animações ajudam, DEPOIS QUE SE LÊ O ASSUNTO NO LIVRO.



quinta-feira, 11 de abril de 2013

GenMol: Oportunidade de melhorar a nota e mudança do calendário

Caros alunos da disciplina Genética Molecular

Por sugestão do Prof. Éderson Kido, acatada pelo Prof. Paulo Andrade, a prova de reposição (segunda chamada) poderá ser feita por qualquer aluno que assim desejar. A nota obtida, se superior a qualquer uma das três anteriores, substituirá a menor. No caso dos alunos que faltaram a alguma prova, esta regra não se aplica.

As próximas provas terão questões de marcar X (Profs. Kido e Neto) e questões dissertativas (Prof. Paulo). O novo calendário, que permitirá aos alunos mais tempo para estudar, é o seguinte:

dia 15 de abril, segunda feira: aula normal - reestudo das questões das 3 provas
dia 17 de abril, quarta feira: sem atividades
dia 22 de abril, segunda feira: prova de reposição
dia 24 de abril, quarta feira: sem atividades
dia 29 de abril, segunda feira: prova final

POR FAVOR DIVULGUEM AO MÁXIMO


segunda-feira, 1 de abril de 2013

Roteiro para ClustalW e Treeview


Roteiro para uso do ClustalW e visualização no Treeview
Exemplo com sequências de proteínas de primatas

Nosso objetivo é selecionar sequências de proteínas de primatas que são similares à HSP70 humana (presumivelmente têm a mesma função) e, empregando estas sequências, procurar avaliar se a árvore de distâncias genéticas entre as sequências agrupa de forma relevante (isto é, da forma como aceitamos pela taxonomia clássica) os primatas.

Para tal vamos começar com a sequência de HSP70 humana selecionada a partir de uma busca no banco de proteínas do NCBI com o string HSP70 Homo sapinens. O resultado traz muitas sequências, mas escolheremos a que está mostrada abaixo:

heat shock protein 70 [Homo sapiens]
701 aa protein
Accession: AAA02807.1 GI: 292160


A partir da página da proteína clickamos à direita na opção RUN BLAST. Assim que a página do Blastp abrir, escolheremos para Organism a opção primates (inicie a digitação e aguarde para que a definição do táxon apareça) e, quando o serviço estiver concluído, escolheremos sequências de HSP70 de primatas que estejam aparentemente completas (com query coverage maior ou igual a 99%). Para isso basta clicar nos quadradinhos à esquerda de cada sequência escolhida, uma para cada primata, sem repetições. Uma vez feito isso podemos baixar todas as sequências no formato FASTA num arquivo único (clique em download, na linha acima da tabela e escolhafasta).  O arquivo vem no formato .txt e vai se chamar seqdump. Você vai encontrá-lo baixado em sues Downloads.

Você deve separar as sequências do arquivo com um espaço em branco entre elas. Para isso procure o sinal de > e manualmente separe as sequências. Também retire toda a informação depois do sinal de >, exceto no nome da espécie, que deve não ter espaços (sugerimos colocar um underline entre os dois nomes da espécie)

No final o aspecto ficará mais ou menos assim:

>Homo_sapiens
MSVVGIDLGFQSCYVAVARAGGIETIANEYSDRCTPACISFGPKNRSIGAAAKSQVISNAKNTVQGFKRFHGRAFSDPFV
EAEKSNLAYDIVQWPTGLTGIKVTYMEEERNFTTEQVTAMLLSKLKETAESVLKKPVVDCVVSVPCFYTDAERRSVMDAT
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>Pan_paniscus
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SEDDRNSFTLKLEDTENWLYEDGEDQPKQVYVDKLAELKNLGQPIKIRFQESEERPKLFEELGKQIQQYMKIISSFKNKE
DQYDHLDAADMTKVEKSTNEAMEWMNNKLNLQNKQSLTMDPVVKSKEIEAKIKELTSICSPVISKPKPKVEPPKEEQKNA
EQNGPVDGQGDNPGPQAAEQGTDTAVPSDSDKKLPEMDID
 Etc...

Teremos que baixar também uma sequência de HSP70 de um organismo não relacionado aos primatas e acrescentar no nosso arquivo de sequências. Escolheremos a HSP70 do sapo africano Xenopus laevis.

Hsp70 protein [Xenopus laevis]
647 aa protein
Accession: AAH78115.1 GI: 50415517


Com todas as sequências editadas e copiadas para o clipboard, podemos ir ao programa ClustalW2( http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/) e colar na caixa de diálogo. Basta agora pressionar o Submit.

O resultado apresenta quatro abas, sendo a da tela aquela que mostra o alinhamento. Para ver a árvore clique em Guide tree. Role a tela e abaixo das primeiras informações vai aparecer Phylogram. Aí, se o Java estiver habilitado no seu computador, você poderá ver vários tipos de árvores. Nenhuma delas é realmente bonita...

Para ver árvores mais elegantes, é precisosalvar o arquvi que gera as árvores. Clique na aba Guide tree e depois em Download guide tree (com o botão direito) e salve o arquivo (a extensão será .dnd)onde possa recuperar depois. Este arquivo será lido pelo Treeview.

Finalmente, para ver a árvore (dendrograma indicando as distâncias genéticas entre as sequências),é preciso instalar o programa Treeview. Ele pode ser baixado para Eindows Vista ou posterior do link http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview/1.6.6/setup.exe

Instale o programa no seu computador. Não sabemos se funcionará num tablet.

Ao abrir o programa, é preciso escolhe File --- Open e procurar onde o arquivo . dnd gerado pelo ClustalW foi gravado. Quando abrir, várias opções de árvores estarão disponíveis. Experimente todas elas.

Procure identificar cada espécie (use o Google) e veja se a árvore faz sentido. Depois inspecione as sequências escolhidas e veja se alguma parece estranha: muito curta ou muito longa em relação às demais. Retire as sequências discrepantes e repita o ensaio.