quinta-feira, 28 de agosto de 2014

COMUNICAÇÃO INTERCELULAR E TRANSMISSÃO INTRACELULAR DE SINAIS


(Sinopse dos slides de sala de aula)

A sobrevivência das células de um organismo depende de estímulos externos provenientes de outras células. O organismo é projetado para funcionar integralmente e não como a soma de células individuais e a comunicação entre as células é, portanto, fundamental. Nos organismos multicelulares  cada célula depende de outra! As inter-relações celulares ocorrem desde as primeiras fases da vida embrionária.

AS CÉLULAS SÃO ATIVADAS POR LIGAÇÃO DA SUBSTÂNCIA INDUTORA  AO SEU RECEPTOR

As células se comunicam por moléculas e, em alguns casos, por sinais elétricos. A célula que emite a “mensagem” é responsável pela síntese da molécula sinalizadora ou indutor, ou ainda, ligante. A molécula que recebe o sinal deve ter um receptor adequado que reconhece o ligante, ou nãoperceberá o sinal.


Figura 1: Esquema representativo da produção de um sinal (ligante) por uma célula indutora e sai recepção pela célula-alvo (ou célula induzida). O ligante pode estar na superfície da célula indutora, mas pode ser secretado/excretado e encontrar células próximas ou mesmo muito distantes.

As consequências de um estímulo são as mais diversas. Na figura abaixo há um quadro geral do que pode ocorrer com uma célula após ser induzida. Há três classes gerais de resposta, embora outras classificações sejam possíveis.


Figura 2. Possíveis respostas à indução. A lista não esgota as possibilidades, que se multiplicam de forma notável nos organismos multicelulares.  Uma primeira classe de consequência do estímulo é a multiplicação, diferenciação e morte celular. Uma segunda classe de estímulos está relacionada à contração muscular, alterações rápidas do citoesqueleto e condução de sinais elétricos pelas células (via despolarização de membrana), A terceira classe de respostas está relacionada à degradação ou síntese de substâncias e ao trânsito de solutos e macromoléculas pela membrana.

Há uma variedade de moléculas e íons que servem de sinal, isto é, atuam como indutores.
Ø  proteínas,
Ø  pequenos peptídeos,
Ø  aminoácidos,
Ø  nucleotídeos,
Ø  esteroides,
Ø  retinoides,
Ø  ácidos graxos,
Ø  óxido nítrico e monóxido de carbono.

O sinal pode ser elétrico, em certos casos.

Já as moléculas que compõem os receptores nas células alvo mostram menos variedade composicional e costumam ser proteínas ancoradas na membrana ou livres no citosol.  Mais adiante discutiremos os tipos de resposta divididas de acordo com a localização do receptor.

Em conformidade com o que mostra a Figura 2, os alvos da estimulação podem ser:
ü  proteínas regulatórias de genes - levam à síntese de novas proteínas ou sua inibição
ü  canais iônicos – provocam a entrada/saída de íons na célula
ü  componentes de vias metabólica;
ü   citoesqueleto

Em síntese, o mecanismo de comunicação depende de três componentes, mostrados esquematicamente na Figura 3 abaixo:


Figura 3. Os três componentes principais para a comunicação celular.  As moléculas sinalizadores extracelulares são os indutores ou ligantes. As proteínas celulares de superfície são os receptores. As proteínas sinalizadores intracelulares fazem parte da cascata de resposta na célula induzida. Em alguns casos o ligante atravessa a membrana plasmática e encontra seu receptor no citosol. Em outros casos, o sinal pode ser elétrico (despolarização de membrana).

TIPOS DE INDUÇÃO

Podemos esquematicamente dividir os tipos de indução celular de acordo com a distância entre a célula indutora e a célula. A Figura 4 abaixo mostra a classificação de acordo com a distância entre as células.



Figura 4. Na comunicação dependente de contato as células devem estar muito próximas, Entre elas se forma o que é chamado de “gap junction” e é neste espaço que ocorre a interação entre o ligante (preso na membrana plasmática da célula sinalizadora) e o receptor (na membrana plasmática da célula alvo). Na comunicação (ou indução) parácrina as células está relativamente próximas e a difusão do indutor se dá a pequena distância.  Na comunicação sináptica o indutor trafega dentro de vesículas do Golgi até a sinapse, região especializada da célula que contacta outra célula nervosa ou uma célula muscular; as vesículas se fundem na membrana plasmática da célula indutora (um neurônio) e despejam seu conteúdo no espaço sináptico, onde vão se ligar aos seus receptores na membrana da célula alvo. No quarto tipo de comunicação celular, a indução endócrina, o sinal excretado ou secretado pela célula sinalizadora alcança as células alvo através da circulação, ganhando assim todo o corpo. É o caso de muitos hormônios. A indução autócrina é aquela na qual o indutor produzido e excretado por uma célula termina por induzi-la. Neste sentido, ela guarda muita semelhança à indução parácrina, mas a célula indutora e a célula alvo são a mesma célula.

A indução também pode ser dividida de outra forma, isto é, de acordo com o local da célula onde ocorre o encontro do indutor e do receptor. Na figura abaixo podemos ver que a comunicação celular acontece pelo encontro do receptor pelo indutor no citosol (e para isso o indutor tem que ser lipofílico para poder cruzar a membrana plasmática) ou pelo encontro do receptor na membrana plasmática. Quando a indução se faz pela ligação em receptores de membrana plasmática, a ligação determina uma mudança conformacional no receptor que pode abrir ou fechar canais iônicos, ativar enzimas (em geral cinases ou ciclases) ou ainda interagir com uma proteína G do lado citosólico da membrana plasmática. Nos dois casos (receptor citosólico ou de membrana), a consequência da interação pode depender de uma complexa cadeia de reações, embora em certos casos, comoo dos canais iônicos, a resposta estará na própria mudança de conformação do receptor.


Figura 5. Divisão esquemática dos tipos de indução celular de acordo com a localização do receptor (primeiro nível) e de acordo com a atividade associada ao receptor ativado (segundo nível).

Há algumas características da indução que são bastante gerais e que merecem ser ressaltadas:

·         Cada substância indutora atua apenas sobre a célula alvo – De fato, apenas as células que possuem o receptor específico para o ligante respondem ao estímulo da célula indutora, como comentado no próximo item.
·         A especificidade está relacionada com o receptor, que é uma molécula ou uma associação de moléculas.
·         Para ligação ao receptor, é necessária uma adaptação estrutural recíproca entre as duas moléculas – quando o ligante e o receptor se acoplam, as duas moléculas sofrem pequenas alterações estruturais.
·         A quantidade de receptores em cada célula é limitada;
·         A ligação substância indutora-receptor é reversível – uma vez desligado do receptor o ligante pode muitas vezes ligar-se a um novo receptor (igual ao anterior), ma mesma célula ou em outra célula.

Após a ligação do ligante ao receptor, ocorrem reações químicas em cadeia no interior da célula, cuja resposta celular é o desfecho da série. A resposta da célula alvo ao estímulo pode variar muito, tanto em termos bioquímicos como em tempo de duração (veja Figura 2 e Figura 6 abaixo).



Figura 6. A indução pode determinar uma reação rápida da célula alvo quando não depende da síntese de novas proteínas. A resposta é especialmente rápida quando envolve canais iônicos. Entretanto, quando a indução envolve a ativação de genes no núcleo, a resposta irá da síntese da nova proteína, o que pode levar várias horas ou mesmo dias.


Vamos em seguida aprofundar um pouco em cada tipo de indução, de acordo com a localização do receptor.

INDUÇÃO MEDIADA POR RECEPTORES CITOSÓLICO

Os hormônios esteroides e tireoideos, a vitamina D e o ácido retinoico são substâncias indutoras que se ligam aos receptores situados no citosol.  Esta classe de indutores deve ter uma natureza hidrofóbica (ou lipofílica) para que possa atravessar a membrana plasmática e encontrar seus receptores no citosol da célula alvo.  A Figura 7 sintetiza os passos que ocorrem após a ligação do indutor em seu receptor e a Figura 8 exemplifique esta via de ativação com o exemplo do cortisol.


Figura 7. O receptor  encontra-se inicialmente no citosol e não entra no núcleo. Entretanto, depois de ligado a indutor, ele tem a capacidade de entrar no núcleo complexado ao indutor. O complexo se liga diretamente ao DNA ou em proteínas que se ligam a promotores (proteínas reguladoras da transcrição). Esta ligação ativa o gene alvo da indução, que determina a síntese de uma nova proteína, que pode ser a forma final da resposta à indução.


Figura 8. Exemplo da ativação de um gene induzida por uma substância cujo receptor é citosólico. O indutor é, neste caso, o cortisol e o receptor, citoplasmático (ou, em algumas células, também nuclear). Os passos da indução estão explicados na figura. O complexo gerado liga-se ao elemento regulador dos glicocorticóides induzindo ou reprimindo a transcrição gênica. A resposta genética é variável de célula para célula. Adaptado de The Science of Biology, 8ª. edição, Sinauer


INDUÇÃO MEDIADA POR RECEPTORES DE MEMBRANA

Receptores de superfície atuam como transdutores de sinal, que convertem a ligação do ligante em sinais intracelulares, alterando  o comportamento da célula. Todos os receptores de superfície são proteínas integrais de membrana, que têm um domínio voltado para o lado externo e um domínio citosólico.

Pertencem a três classes, como mostrado na Figura 5:
·         Receptores ligados a canais iônicos;
·         Receptores ligados à proteína G;
·         Receptores ligados à enzimas (guanilato ciclase, serina treonina cinase, tirosinocinase).

Podemos resumir as propriedades destas três classes de receptores como mostrado abaixo:
a)      Receptores ligados a canais iônicos
Sinalização mediada por neurotransmissores, que abrem e fecham canais formados pelas proteínas e alteram a permeabilidade iônica da membrana promovendo a excitabilidade pós sináptica.

b)      Receptores ligados à proteína G
A interação entre o receptor e o alvo é mediada por uma terceira proteína formada por três subunidades,  a proteína G (GTP binding Protein).
Indiretamente, regula a atividade da proteína  alvo de membrana  que pode ser uma enzima ou um canal iônico.

c)       Receptores ligados à enzimas
 Funcionam como enzima ou são associados com as enzimas  que ativam.

A figura 9 abaixo representa as três classes de receptores mencionadas acima.



Figura 9. (A) A ligação do indutor (molécula sinal ou ligante) ao receptor determina uma mudança conformacional deste, que tem como consequência a abertura (e mais raramente o fechamento) de um canal para íons, que é na verdade o próprio receptor. (B) A ligação do indutor ao receptor faz com que este atraia para si a proteína G, que é então ativada. A proteína G difunde pela membrana e vai ativar outras enzimas de membrana. (C) A ligação do indutor reúne subunidades inativas do receptor. A união das subunidades determina a ativação do receptor que funciona então, ele mesmo, como uma enzima, ou alternativamente, ativa uma enzima que está associada a ele na face interna da membrana plasmática. Adaptado de Molecular Biology of the Cell (Alberts et al.)


CONCEITO DE SISTEMA DE SEGUNDO MENSAGEIRO

Sistemas em que um sinal intracelular é gerado em resposta a um mensageiro primário intercelular, como um hormônio ou neurotransmissor. São sinais intermediários presentes em processos celulares como o metabolismo, secreção, contraçãoe crescimento celular. São exemplos de sistemas de segundo mensageiro o sistema adenil ciclase-AMP cíclico, o sistema fosfatidilinositol difosfato-inositol trifosfato, e o sistema de GMP cíclico.

De onde surge o segundo mensageiro? O indutor (primeiro mensageiro) produz mudanças no receptor que são transmitidas à segunda molécula do sistema. A segunda molécula atua sobre uma terceira... e por aí em diante até que a resposta à indução seja completada. Algumas vezes a segunda molécula da resposta (aquela modificada pelo receptor) é uma molécula pequena que se difunde pelo citosol ou no plano da membrana. Neste caso, estas moléculas são chamadas segundos mensageiros. Porque se difundem rapidamente, são eficientes na propagação dos sinais.

São segundos mensageiros:

·         AMPc, um produto da degradação do ATP;
·         GMPc, um produto da degradação do GTP;
·         Ca++ - transporte para o interior da célula é feito através de canais controlados;
·         trifosfato de inositol (IP3) e o diacilglicerol (DAG), produtos da degradação do fosfatidilinositol-4,5-bifosfato (PIP2), fosfolipídio de membrana;

Não há segundo mensageiro para hormônios esteroides e tireoideos porque os receptores são intracelulares.

RECEPTORES COM ATIVIDADE ENZIMÁTICA OU QUE ATIVAM ENZIMAS

A atividade enzimática pode ser de:
·         guanilato ciclase: interage com moléculas de GTP transformando em GMPc (um segundo mensageiro);
·         serina-treonina cinase: fosforila serinas e treoninas dos domínios citosólicos de outras unidades protéicas; isso ativa ou inibe a atividade das proteínas modificadas
·         tirosinocinase: fosforila tirosinas (atividade de tirosinocinase) em domínios citosólicos de proteínas. Mesmo efeito anterior.

Esta atividade é restrita ao domínio citosólico do receptor ou de uma proteína associada a ele, que é ativada na presença do indutor quando este se liga ao domínio externo do receptor.

RECEPTORES COM ATIVIDADE GUANILATO CICLASE

A figura a seguir sintetiza e exemplifica o funcionamento de um receptor com função de enzima guanilato ciclase. Quando o receptor é ativado pelo indutor (neste caso, o ANP – peptídeo natriurético atrial), ele ganha esta atividade enzimática e converte a GTP em sua proximidade em GMPc. Esta molécula difunde pela célula e pode interagir com muitas outras moléculas alvo.  Um destes alvos nas células renais é a cinase G.



Figura 10. Do lado esquerdo da figura está sinteticamente representada a forma como o indutor determina que o domínio citoplasmático do receptor ganhe uma atividade de guanilato ciclase. Os demais quadros exemplificam como o indutor (ANP, uma molécula sinalizadora que circula pelo sangue e tem, por isso, características de hormônio, mas que não atravessa a membrana plasmática, mas se liga a um receptor de superfície nas células alvo) determina a redução da pressão arterial.


RECEPTORES COM ATIVIDADE SERINA-TREONINA CINASE

A figura a seguir sintetiza e exemplifica o funcionamento de um receptor com função de enzima serina-treonina cinase. Quando o receptor é ativado pelo indutor (neste caso, moléculas da família do TGF-b, uma citocina), ele ganha esta atividade enzimática e adiciona fosfatos a resíduos de serina e treonina em enzimas alvo. A fosforilação geralmente leva a uma ativação da enzima.

A via SMAD deste exemplo é a via de sinalização canônica que os membros da família TGF-β usam para sinalizar. Nesta via, os dímeros de TGF-β se ligam a um receptor de tipo II, que recruta e fosforila um receptor de tipo I. O receptor de tipo I, em seguida, recruta e fosforila uma proteína SMAD regulada por receptor (R-SMAD). O R-SMAD liga-se então ao SMAD comum (coSMAD), denominado SMAD4 e forma um complexo heterodimérico. Este complexo, em seguida, entra no núcleo da célula onde atua como um fator de transcrição de vários genes, incluindo aqueles para ativar a via da proteína cinase 8 ativada por mitógeno, o que desencadeia a apoptose.


Figura 11. Do lado esquerdo da figura está sinteticamente representada a forma como o indutor determina que o domínio citoplasmático do receptor ganhe uma atividade de serina-treonina cinase. Os demais quadros exemplificam como o indutor (TGF-β, uma citocina que se liga a um receptor de superfície nas células alvo) determina a transcrição de vários genes e pode levar à apoptose celular.


RECEPTORES COM ATIVIDADE TIROSINOCINASE

As substâncias indutoras que tem este tipo de atividade são membros da família dos fatores estimuladores de crescimento  (ex: EGF, FGF, HGF, insulina). O receptor se autofosforila por adição de fosfato das moléculas de ATP e promove três vias de ativação de sinais que participam:
·         A proteína Ras (rat sarcoma virus)
·         A fosfolipase C-g
·         A fosfatidilinositol 3-cinase




Figura 12. Do lado esquerdo da figura está representada a sequência de eventos que leva da ligação do sinal ao receptor até a ativação dos genes no núcleo. A união de subunidades do receptor mediada pela ligação do indutor ativa a proteína RAS que determina uma sucessão de eventos que leva à ativação de ERK, que passa ao núcleo e determina a transcrição de genes. O quadro pequeno ao centro e ao alto mostra como a fosfolipase C quebra um lipídio de membrana (PIP2) produzindo DAG e IP3, os segundos mensageiros comentados anteriormente nesta apresentação. Por fim,o quadro da direita mostra como a fosfatidil-inositol 3 cinase transforma o mesmo PIP2 no segundo mensageiro PIP3. A ação destas duas enzimas é determinada pela ligação do indutor ao receptor.

Receptores com atividade tirosinocinase também são ativados por indutores como:
·         hormônio do crescimento (GH),
·         prolactina,
·         eritropoetina,
·         algumas citocinas e antígenos quando se ligam aos linfócitos T e B.
·          
Proteínas citosólicas denominadas de STAT (Signal Transducer and Activation of Transcription) se dimerizam, depois de ativadas pela tirosinocinase, e ingressam no núcleo onde se combinam com outras proteínas e ativam diversos genes.


RECEPTORES LIGADOS À PROTEÍNA G

Várias moléculas se ligam a receptores ligados à proteína G,  incluindo drogas, hormônios, neurotransmissores e mediadores  locais.
·         A subunidade a da proteína G comporta-se como uma GTPase, semelhante a Ras;
·         A proteína G inicia diferentes vias de sinais intracelulares depois que interage com a:
v Adenilato ciclase para produzir AMP cíclico;
v Fosfolipase C- que quebra o fosfatidilinositol 4,5-difosfato (PIP2) formando inositol 1,4,5-trifosfato (IP3) e diacilglicerol (DAG);
v Fosfatidilinositol 3-cinase (PI 3-K) que acrescenta um fosfato ao PIP2 e o converte em fosfatidilinositol 3, 4,5-trifosfato (PIP3).

AMP cíclico, Ca 2+ , IP3, DAG e PIP3 são, como dissemos antes, segundos mensageiros

Na figura abaixo representamos de forma muito esquemática como se dispõem o receptor e as três subunidades da proteína G na membrana plasmática e de que forma a ativação do receptor pelo indutor leva à separação das subunidades da proteína G e sua ativação. Observe que a proteína G está ancorada na membrana por duas caudas de ácidos graxos, enquanto o receptor, como dissemos antes, é uma proteína integral de membrana. As duas moléculas podem se deslocar no plano da membrana.


Figura 13. Ilustração da ativação das subunidades da proteína G pela ligação do indutor ao receptor.

O passo seguinte na resposta ao indutor mediada pela proteína G e, em geral, a ativação de uma enzima. A figura a seguir ilustra como a proteína G pode ativar uma fosfolipase, que vai clivar o PIP2 na membrana, liberando os segundos mensageiros DAG e IP3, que vão mediar respostas em locais diversos da célula. No exemplo, as duas moléculas estão relacionadas à liberação de cálcio do lúmen (ou luz) do retículo endoplasmático para o citosol.


Figura 14. Esquema representativo da resposta a um estímulo mediada pelo receptor ligado a proteína G.  Aqui participam os segundos mensageiros PIP3 e DAG, produzidos pela ação da fosfolipase C ativada pela proteína G.


RECEPTORES LIGADOS A CANAIS IÔNICOS

Por enquanto, disponibilizamos apenas esta animação: http://www.youtube.com/watch?v=QP4ABaY2rpU&feature=related.


Por fim, a figura abaixo mostra que, em muitos casos, um mesmo indutor pode ter vários tipos de receptor na superfície da célula, cada um atuando por uma via um pouco distinta, mas levando muitas vezes à mesma consequência final. O exemplo usa as bem conhecidas vias ativadas pela adrenalina (ou epinefrina).




terça-feira, 12 de agosto de 2014

Guia para as aulas de Citoesqueleto/junções celulares e Comunicação/transmissão de sinais

Citoesqueleto e junções celulares
·         Funções
·         Componentes: filamentos, microtúbulos e proteínas acessórias
Aprofundar o conhecimento em cada um dos componentes e suas funções: junção, adesão, movimento, forma, divisão celular, etc.
O assunto está, em parte, no link para o Alberts em português: http://www.ebah.com.br/content/ABAAAe2ZcAG/alberts-cap-17-citoesqueleto-pdf-crdownload

Comunicação intercelular e transmissão intracelular de sinais
O assunto será visto em duas aulas. Atenção: será estudada a forma como as células se comunicam (comunicação intercelular) e a forma como as várias partes de uma célula “conversam” (transmissão intercelular de sinais)
·         Mecanismos básicos de comunicação celular: os três elementos principais
·         Consequências da recepção de um sinal
·         Tipos de indução celular
·         Tipos de receptores


http://www.fop.unicamp.br/dcf/bioquimica/downloads/db210-2007-T05-SinalizacaoCelular.pdf

terça-feira, 3 de junho de 2014

As origens dos vírus

Este texto foi traduzido de Scitable, Nature Education, por Genpeace. Nossas observações estão em vermelho. Recentemente foi descoberto um mimivirus (virus gigante) em uma ameba na região amazônica. A notícia está em http://cibiqui.blogspot.com.br/2014/06/virus-gigante-na-amazonia_3.html 

O link para a página da Nature Education é 
http://www.nature.com/scitable/topicpage/the-origins-of-viruses-14398218

Por: David R. Wessner, Ph.D. (Dept. of Biology, Davidson College) © 2010 Nature Education 
Como citar: Wessner, D. R. (2010) The Origins of Viruses. Nature Education 3(9):37

Como os vírus evoluem? Eles são uma forma simplificada de algo que existiu há muito tempo, ou um ponto culminante final de elementos genéticos menores unidos ao longo da evolução?

A história evolutiva do vírus representa um tópico fascinante, embora obscuro, para virologistas e biólogos celulares. Devido à grande diversidade entre os vírus, os biólogos têm grandes dificuldades em alcançar uma forma de classificar adequadamente estas entidades e de relacioná-las com a árvore convencional que representa a organização das várias formas de vida. Os vírus podem representar elementos genéticos que ganham a habilidade de se mover entre as células. Eles podem representar organismos que eram previamente de vida livre e que se tornaram parasitas. Eles podem ser os precursores da vida como a conhecemos.

Biologia básica dos vírus
Sabemos que os vírus são bastante diversificados. Ao contrário de todas as outras entidades biológicas, alguns vírus, como o poliovírus, têm genomas de RNA e alguns, como o herpesvírus, têm genomas de DNA. Além disso, alguns vírus (como o vírus da gripe) têm genomas de fita simples, enquanto outros (como a varíola) têm genomas de fita dupla. Suas estruturas e estratégias de replicação são igualmente diversas. No entanto, os vírus de fato compartilham algumas características: Primeiro, eles geralmente são muito pequenas, com um diâmetro de menos de 200 nanômetros (nm). Em segundo lugar, eles podem replicar somente dentro de  uma célula hospedeira. Em terceiro lugar, nenhum vírus conhecido contém ribossomos, um componente necessário da maquinaria de tradução (síntese proteica) de uma célula.

Os vírus são seres vivos?

Para analisar esta questão, precisamos ter uma boa compreensão do que queremos dizer com "vida". Embora as definições específicas possam variar, os biólogos geralmente concordam que todos os organismos vivos apresentam diversas propriedades fundamentais: eles podem crescer, reproduzir, manter uma homeostase interna, responder a estímulos, e realizar vários processos metabólicos . Além disso, as populações de organismos vivos evoluem ao longo do tempo.

Os vírus estão em conformidade com esses critérios? Sim e não. Nós todos provavelmente percebemos que os vírus se reproduzem de alguma forma. Nós podemos ser infectados com um pequeno número de partículas de vírus - pela inalação de partículas expelidas quando outra pessoa tosse, por exemplo- e depois ficam doentes vários dias mais tarde, com os vírus replicando dentro de nossos corpos. Da mesma forma, todos percebemos que os vírus evoluem ao longo do tempo. Precisamos ser vacinados contra a gripe todos os anos principalmente devido as mudanças do vírus da influenza, que evolui de um ano para o outro (Nelson & Holmes 2007).

Os vírus, no entanto, não fazem os processos metabólicos. Mais notavelmente, os vírus diferem de todos os organismos vivos porque não podem gerar ATP . Os vírus também não possuem o maquinário necessário para a tradução, como mencionado acima. Eles não possuem ribossomos e não pode formar proteínas independentemente a partir de moléculas de RNA mensageiro. Devido a estas limitações, o vírus pode replicar somente numa célula hospedeira viva. Portanto, os vírus são parasitas intracelulares obrigatórios. De acordo com uma definição rigorosa de vida , eles são não vivos . Nem todos, porém, concordam necessariamente com essa conclusão. Talvez vírus representem um tipo diferente de organismo na árvore da vida - os organismos de codificação do capsídeo , ou CEOs (Figura 1 ; Raoult & Forterre 2008) (em contraste com os outros, que codificam ou produzem uma membrana, que delimita fisicamente a célula)


Figura 1: Os vírus e a arvora da vida
Embora a maioria dos biólogos julgue que os vírus não são seres vivos, alguns argumentam que os vírus poderiam ser incluídos na árvore da vida. Eles argumentam que os organismos deveriam ser divididos em organismos que codificam ribossomos (REOs) (e que também são organizados em células) e organismos que codificam um capsídeo (CEOs). As eubactérias, as arqueobactérias e os eucariotos são REOs; os vírus são CEOs © 2008 Nature Publishing Group Raoult, D. & Forterre, P. Redefining viruses: lessons from Mimivirus. Nature Reviews Microbiology 6, 315–319 (2008). Todos os direitos reservados.

De onde vêm os vírus?
Há muito debate entre virologistas sobre esta questão. . Três hipóteses principais foram formuladas: 1ª.) A hipótese progressiva ou hipótese de fuga, afirma que os vírus surgiram a partir de elementos genéticos que ganharam a habilidade de se mover entre as células; 2ª.) a hipótese regressiva, ou hipótese  de redução, afirma que os vírus são restos (ou vestígios) de organismos celulares ; e  a 3ª.  hipótese dos vírus primeiro afirma que os vírus são anteriores ou coevoluíram com seus atuais hospedeiros celulares.

A hipótese progressiva


Figura 2: Replicação de retrovírus
Logo que o retrovírus entra na célula hospedeira, a transcriptase reversa converte o genoma viral de RNA em uma fita dupla de DNA. Este DNA viral migra então para o núcleo e se integra no genoma da célula hospedeira, Os genes virais são transcritos e traduzidos. Novas partículas virais são então montadas (contendo o RNA viral), saem da célula e pode infectar outra célula.
© 2005 Nature Publishing Group Pommier, Y., Johnson, A. A., & Marchand, C. Integrase inhibitors to treat HIV/AIDS. Nature Reviews Drug Discovery 4, 236–248 (2005). Todos os direitos reservados.




Figura 3: Replicação de retrotransposons semelhantes a vírus
As RNA polimerases celulares transcrevem os retrotransposons (que fazem parte de seus genomas), formando uma cópia em RNA do elemento genético. Após a tradução, a transcriptase reversa (codificada pelo retrotransposon) converte o RNA do retrotransposon em uma fita dupla de DNA. Esta cópia em DNA do retrotransposon é então integrada, numa nova posição, no genoma da mesma célula (a integrase é codificada também pelo retrotransposon). © 2001 Nature Publishing Group Hurst, G. D. D. & Werren, J. H. The role of selfish genetic elements in eukaryotic evolution. Nature Reviews Genetics 2, 597–606 (2001). Todos os direitos reservados.


De acordo com esta hipótese, os vírus originaram-se  através de um processo progressivo . Elementos genéticos móveis, pedaços de material genético capaz de se mover dentro de um genoma, ganharam a habilidade de sair de uma célula e entrar em outra. Para conceituar essa transformação, vamos examinar a replicação do retrovírus, a família de vírus ao qual pertence o HIV.
Os retrovírus têm um genoma formado por um RNA fita simples. Quando o vírus entra na célula hospedeira, uma enzima viral, a transcriptase reversa, converte o RNA fita simples em DNA fita dupla. Este DNA viral migra para o núcleo da célula hospedeira. Outra enzima viral, a integrase, insere o DNA viral recém formado no genoma da célula hospedeira . Genes virais podem a partir daí ser transcritos e traduzidos. RNA polimerase da célula hospedeira pode produzir novas cópias fita simples do genoma de RNA do vírus . Então, os vírus da progênie (a nova geração de vírus) são encapsulados (ganham sues capsídeos)  e saem da célula para começar o processo de novo ( Figura 2 ) .

Este processo reflete muito de perto o movimento de um componente importante, embora um pouco fora do comum, da maioria dos genomas eucarióticos : o retrotransposon . Estes elementos genéticos móveis constituem surpreendentemente 42% do genoma humano (Lander et al. 2001) e podem se mover dentro do genoma através da síntese de um intermediário de RNA. Tal como retrovírus , certas classes de retrotransposons , os retrotranspossons virais, codificam uma transcriptase reversa e , muitas vezes , uma integrase . Com estas enzimas , estes elementos podem ser transcritos em RNA, transformados de volta em DNA por transcrição reversa, e depois integrados num novo local no genoma (Figura 3) . Podemos especular que a aquisição de algumas proteínas estruturais poderia permitir que o elemento saísse de uma célula e entrasse noutra, tornando-se assim um agente infeccioso. De fato, as estruturas genéticas de retrovírus e dos retrotransposons virais mostram semelhanças notáveis.

A Hipótese regressiva

Em contraste com o processo progressivo que acabamos de descrever, os vírus podem ter-se originado  através de um processo regressivo ou redutor. Os microbiologistas geralmente concordam que certas bactérias, que são parasitas intracelulares obrigatórios como espécies de Chlamydia e Rickettsia, evoluíram a partir de ancestrais de vida livre. De fato, estudos genômicos indicam que as mitocôndrias das células eucarióticas (que foram organismos de vida livre, tornaram-se simbiontes e agora são organelas) e Rickettsia prowazekii pode compartilhar um ancestral comum de vida livre (Andersson et al. , 1998). Segue-se, então, que os vírus existentes podem ter evoluído a partir de organismomais complexo, possivelmente de vida livre, que perderam informação genética ao longo do tempo à medida que adotaram uma abordagem parasitária (isto é, usando ribossomos e outros componentes celulares – nota do tradutor) para sua replicação.

Os vírus de um grupo particular, os grandes vírus nucleo-citoplasmáticos de DNA (NCLDVs) , ilustraram ainda melhor esta hipótese. Esses vírus, que incluem os vírus da varíola e o recém-descoberto gigante de todos os víru , o Mimivírus , são muito maiores do que a maioria dos vírus (La Scola et al. 2003). Um poxvírus típico em forma de tijolo, por exemplo, pode ter 200 nm de largura e 300 nm de comprimento. Com cerca de duas vezes esse tamanho, o Mimivírus apresenta um diâmetro total de cerca de 750 nm (Xiaoet al. , 2005). Por outro lado, as partículas do vírus da gripe, de forma esférica, podem ser apenas de 80 nm de diâmetro  e partículas de poliovírus têm um diâmetro de apenas 30 nm , aproximadamente 10.000 vezes menores do que um grão de sal . Os NCLDVs também possuem grandes genomas: assim, os genomas dos poxvírus muitas vezes se aproximam de 200.000 pares de bases  e os Mimivírus têm um genoma de 1,2 milhões de pares de bases (maior do que o das riquétsias e outras bactérias intracelulares – nota do tradutor), enquanto os poliovírus têm um genoma de apenas 7.500 nucleotídeos . Além de seu grande tamanho , o NCLDVs tem maior complexidade do que os outros vírus menores e dependem menos do seu hospedeiro para replicação do que outros vírus. Os genomas dos poxvírus , por exemplo , codificam um grande número de enzimas virais e fatores relacionados que permitem ao vírus produzir RNA mensageiro funcional dentro do citoplasma da célula hospedeira,

Devido ao tamanho e complexidade de NCLDVs, alguns virologistas levantaram a hipótese de que estes vírus podem ser descendentes de ancestrais mais complexas. Segundo os defensores dessa hipótese, os organismos autônomos (de vida livre– nota do tradutor) inicialmente desenvolveram uma relação simbiótica com a célula hospedeira. Ao longo do tempo , a relação virou parasitária, na medida em que o organismo se tornava mais e mais dependente do outro. À medida que se tornava mais dependente do hospedeiro, ia também perdendo genes previamente essenciais. Eventualmente, o organismo acabou incapaz de se replicar independentemente , tornando-se um parasita intracelular obrigatório, um vírus. A análise do genoma e do modo de vida so gigante Mimivírus pode apoiar esta hipótese. Este vírus contém um repertório relativamente grande de genes putativos associados a tradução - genes que podem ser restos de um sistema de tradução anteriormente completo . Curiosamente, os Mimivírus não diferem muito de bactérias parasitas , como a Rickettsia prowazekii (Raoult et al. , 2004).

A Hipótese do vírus primeiro


Figura 4: Vírus como precursores da vida organizada em células
Ao invés de terem tido origem em células previamente existentes ou de elementos genéticos celulares (uma forma mais primitiva e simples de célula), os vírus poderiam ter existido antes mesmo da vida organizada em células. Unidades auto-replicadoras da virosfera primitiva poder ter ganho a capacidade de formar membranas e paredes celulares, levando à posterior evolução dos três domínios da Vida (Eukarya, Bacteria e Archea). Os vírus então continuaram evoluindo dentro de seus hospedeiros também em evolução. © 2006 Nature Publishing Group Prangishvili, D. et al. Viruses of the Archaea: a unifying view. Nature Reviews Microbiology 4, 837-848 (2006). Todos os direitos reservados.

Ambas as hipóteses progressiva e regressiva assumem que as células existiam antes vírus. E se os vírus existissm primeiro? Recentemente, vários investigadores propuseram que os vírus podem ter sido as primeiras entidades replicadoras. Koonin e Martin (2005) postularam que os vírus existiam em um mundo pré-celular como unidades auto-replicantes (acredita-se que, antes das células contendo DNA como mensageiro genético, reações bioquímicas complexas abióticas eram comandadas por informações derivadas de RNAs primitivos, no que se convencionou chamar de Mundo a RNA. Neste ambiente vírus poderiam se replicar sem células – observações do tradutor). Com o tempo, essas unidades , segundo eles argumentam, tornaram-se mais organizadas e mais complexas. Eventualmente, as enzimas para a síntese das membranas e paredes celulares evoluiram , resultando na formação de células. Os vírus, então, poderiam ter existido antes das eubactérias, arqueobactérias e eucariontes (Figura 4 ; . Prangishvili et al 2006).

A maioria dos biólogos concorda que as primeiras moléculas replicantes consistiam de RNA, e não DNA (a síntese abiótica de RNA é possível, mas não a DNA – nota do tradutor). Sabemos também que algumas moléculas de RNA, as ribozimas , exibem propriedades enzimáticas e podem catalisar reações químicas. Talvez algumas moléculas simples de RNA que podiam se replicar, existentes antes da primeira célula ser formada , desenvolveram a capacidade de infectar as primeiras células . Poderiam os  vírus de RNA fita simples de hoje ser descendentes dessas moléculas de RNA pré células (originárias de um mundo pré-biótico – nota do tradutor)?

Outros têm argumentado que os precursores dos NCLDVs de hoje deram origem às células eucarióticas. Villarreal e DeFilippis (2000) e Bell ( 2001) descreveram modelos explicando esta proposta. Os dois grupos postulam que o núcleo atual das células eucarióticas talvez tenha surgido a partir de um evento endosimbiótico em que um vírus de DNA complexo, envolto por membrana, tornou-se um residente permanente de uma célula eucariótica emergente.

Talvez nenhuma hipótese esteja correta
De onde os vírus vieram não é uma pergunta fácil de responder . Pode-se argumentar bastante convincentemente de que certos vírus, tais como os retrovírus, surgira através de um processo progressivo: alguns elementos genéticos móveis teriam ganho a habilidade de viajar entre as células , tornando-se agentes infecciosos. Pode-se também argumentar que os vírus grandes de DNA surgiram através de um processo regressivo, em que entidades outrora independentes perderam genes-chave ao longo do tempo e adotaram uma estratégia de replicação parasitária. Finalmente, a ideia de que os vírus deram origem à vida como a conhecemos apresenta possibilidades muito interessantes. É possível que os vírus de hoje tenham surgido várias vezes, através de vários mecanismos. Talvez mesmo todos os vírus tenham surgido através de um mecanismo ainda a ser descoberto. A pesquisa básica de hoje em campos como a microbiologia, genômica e biologia estrutural podem nos fornecer respostas a esta questão básica.

Resumo
A análise das origens da vida fascina os cientistas e o público em geral. Compreender a história evolutiva dos vírus pode lançar alguma luz sobre este assunto interessante. Até à data, não existe uma explicação clara para a(s) origem(s) dos vírus. Os vírus podem ter surgido a partir de elementos genéticos móveis que ganharam a capacidade de mover-se entre células. Eles podem ser descendentes de organismos anteriormente de vida livre que se adaptaram a uma estratégia de replicação parasitária. Talvez ainda os vírus já existissem antes das células, e levaram ao surgimento destas. Estudos futuros podem nos fornecer respostas mais claras. Ou podem revelar que a resposta é ainda mais sombria do que parece agora.

Referências e Leituras Recomendadas

Andersson, S. G. E. et al. The genome sequence of Rickettsia prowazekii and the origin of mitochondria. Nature 396, 133–143 (1998) doi:10.1038/24094.
Bell, P. J. L. Viral eukaryogenesis: Was the ancestor of the nucleus a complex DNA virus? Journal of Molecular Evolution 53, 251–256 (2001) doi:10.1007/s002390010215.
Koonin, E. V. & Martin, W. On the origin of genomes and cells within inorganic compartments. Trends in Genetics 21, 647–654 (2005).
Lander, E. S. et al. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 409, 860–921 (2001) doi:10.1038/35057062.
La Scola, B. et al. A giant virus in Amoebae. Science 299, 2033 (2003) doi:10.1126/science.1081867.
Nelson, M. I. & Holmes, E. C. The evolution of epidemic influenza. Nature Reviews Genetics 8, 196–205 (2007) doi:10-1038/nrg2053.
Prangishvili, D., Forterre, P. & Garrett, R. A. Viruses of the Archaea: A unifying view. Nature Reviews Microbiology 4, 837–848 (2006) doi:10.1038/nrmicro1527.
Raoult, D. & Forterre, P. Redefining viruses: Lessons from mimivirus. Nature Reviews Microbiology 6, 315–319 (2008) doi:10.1038/nrmicro1858.
Raoult, D. et al. The 1.2-megabase genome sequence of Mimivirus. Science 306, 1344–1350 (2004) doi:10.1126/science.1101485.
Villarreal, L. P. & DeFilippis, V. R. A hypothesis for DNA viruses as the origin of eukaryotic replication proteins. Journal of Virology 74, 7079–7084 (2000).
Xiao, C. et al. Cryo-electron microscopy of the giant Mimivirus. Journal of Molecular Biology 353, 493–496 (2005) doi:10.1016/j.jmb.2005.08.060.