segunda-feira, 28 de janeiro de 2013

Primeira avaliação Genética Molecular – 2º sem. 2012 28/01/2013 (gabarito e comentários)




1.       (1,5 ponto) - O surgimento da vida na Terra parece ter sido rápido, cerca de 600 milhões de anos após o resfriamento. Mas o estabelecimento de formas de vida diferentes de simples unicelulados levou quase 3 bilhões de anos. Comente como o reparo de DNA pode ter contribuído para esta demora.
O que importa frisar aqui é a perda de informação genética causada pelo meio ambiente e o papel do reparo na manutenção desta informação.

2.       (1,0 ponto)- Ligue os elementos da coluna da esquerda (enzimas do replicossomo de E. coli) com os da esquerda (suas funções).

1
DNA pol III

( 5 )
Auxilia a abertura do DNA relaxando a tensão acumulada nas voltas acima da forquilha de replicação
2
Helicase

( 4 )
Retira os primers e ressintetiza pequenos trechos de DNA, com revisão
3
Primase

( 2 )
Auxilia a quebra das pontes de hidrogênio e separação das fitas, dentro da forquilha de replicação
4
DNA pol I

( 3 )
Adiciona iniciadores de RNA para a síntese da fita contínua e para cada fragmento de Okazaki da fita descontínua
5
Girase

( 1 )
Sintetiza os fragmentos mais longos de DNA e faz revisão da síntese

3.       (1.0 ponto) Na replicação do DNA linear de Streptomyces, um procarioto, o DNA se circulariza pela ligação de suas extremidades. Porque a bactéria faz isso?
O importante aqui é enfatizar o “problema das pontas” e comentar porque o círculo resolve isso.
4.       (1,0 ponto) Os promotores bacterianos clássicos têm uma estrutura conservada. Qual das características abaixo NÂO FAZ PARTE desta estrutura.
a) uma caixa TATA na posição -10
b) o distanciamento de aprox. 20 pb entre duas caixas de consenso
c) um sinal de iniciação da transcrição em torno da posição +1
d) uma caixa com sequencia conservada na posição -35
e) ausência de conservação de sequência entre caixas de consenso

5.       (1,0ponto) Genes eucariotos costumam ter segmentos relativamente longos que serão posteriormente retirados do mRNA maduro. Outros processos são também necessários para gerar o mRNA e localizá-lo junto aos ribossomos. Ligue os elementos da esquerda com os da direita nas colunas abaixo
1
Poliadeninação

(3 )
Retira os introns
2
“capping”

(4 )
Indispensável ao posicionamento do mRNA
3
Splicing

(1 )
Adiciona sequências de adenina na extremidade 3´do mRNA
4
Transporte para o citoplasma

( 2)
Adiciona a base 7-metil-guanosina na extremidade 5´do mRNA



(   )
O processo ocorre no citoplasma
Obs: Todos os processos ocorrem no núcleo ou na sua membrana.
6.       (1,0) Porque aminoácidos mais frequentemente empregados na síntese de proteínas têm mais códons?
Pois isso reduz a chance de que a mutação sobre o códon modifique o aminoácido respectivo. Outra forma de dizer seria: porque aumenta a incidência de mutações silenciosas (mas é uma forma indireta de esclarecer a questão)
7.       (1,0 ponto) O mecanismo de vazamento do operon lac garante seu funcionamento porque:
a)  permite um suprimento basal de b-galactosidase, essencial para manter níveis de ATP mínimos na célula;
b)  permite uma síntese de pequenas quantidades de permease que garante a entrada na célula da lactose, indutor do sistema;
c)  permite a eficiente degradação da lactose que entrar na célula, antes mesmo da síntese de novo de beta-galactosidase;
d)  permite que a produção do repressor seja interrompida pela entrada de pequenas quantidades de lactose;
e)  permite que a degradação do repressor ocorra sempre que houver lactose no meio de cultura.
8.       (1,0 ponto) Indique se as afirmações sobre as várias etapas de regulação gênica em eucariotos são verdadeiras (V) ou falsas (F).
a) a alteração da cromatina é irrelevante (_F_)
b) a formação do complexo transcricional é a etapa mais importante no controle da expressão gênica (_V_)
c) no processamento do mRNA o splicing alternativo é responsável pela expansão do proteoma (_V_)
d) após a produção do mRNA, a célula obrigatoriamente produzirá a proteína codificada (_F_)
e) a partir de um mRNA maduro pode-se produzir proteínas distintas por processamento da cadeia polipeptídica original (_V_)

9.       (1,5 pontos) Assinale V para verdadeiro e F para falso: Gabarito será anexado posteriormente
(       )
A expressão de genes envolvidos na manutenção de células em eucariotos é de regulação constitutiva;
(       )
O processamento alternativo é um tipo comum de controle ao nível de DNA, que permite gerar uma maior variabilidade de proteínas; 
(        )
Elementos regulatórios em eucariotos podem ser proximais ou estar situados a certa distância do gene estrutural;
(        )
Na remodelação da cromatina os nucleossomos são movimentados de forma a disponibilizar as regiões regulatórias, permitindo a transcrição;
(        )
Resíduos de aminoácidos de uma proteína interagem com bases do DNA pelos sulcos da dupla hélice;
(        )
Isoladores impedem que a expressão de um gene contamine a expressão de outro gene vizinho;
(        )
A síntese de ferritina, proteína de estocagem de Fe, é regulada ao nível transcricional e depende da disponibilidade de Fe;
(        )
A edição de RNA é um controle pós-transcricional;
(        )
Quando fatores de transcrição se ligam aos silenciadores, a transcrição de genes que eles controlam é reprimida;
(        )
No processamento alternativo um intron não retirado pode se tornar exon.

quinta-feira, 17 de janeiro de 2013

Calendário das atividades finais da disciplina Genética Molecular – 2º. sem. 2012




16/01
Síntese proteica
21/01
Controle da expressão gênica em procariotos
23/01
Controle da expressão gênica em eucariotos
28/01
1ª. avaliação
30/01
Clonagem gênica – construção de bibliotecas genômicas
04/02
Clonagem gênica – construção de bibliotecas de expressão
06/02
Aplicações em pesquisa e indústria
11/02
Feriado - Carnaval
13/02
Feriado - Carnaval
18/02
PCR – fundamentos
20/02
PCR –aplicações
25/02
RAPD, sequenciamento e outras técnicas – parte I
27/02
RAPD, sequenciamento e outras técnicas – parte II
04/03
2ª. avaliação
06/03
Distribuição dos genes nos genomas – introdução e genomas virais
11/03
Distribuição dos genes nos genomas – procariotos
13/03
Distribuição dos genes nos genomas – eucariotos e organelas
18/03
Prática – estudo online de genes e genomas – Parte I
20/03
Prática – estudo online de genes e genomas – Parte II
25/03
Prática – estudo online de genes e genomas – Parte III
27/03
Feriado - Semana Santa
01/04
Prática – estudo online de genes e genomas – Parte IV
03/04
Prática – estudo online de genes e genomas – Parte V
08/04
Prática – estudo online de genes e genomas – Parte VI
10/04
3ª. avaliação
15/04
Revisão geral da disciplina – aula tira-dúvidas
17/04
Avaliação de reposição
22/04
Revisão geral da disciplina – aula tira-dúvidas
24/04
Avaliação final
29/04
Segunda chamada da avaliação final


domingo, 28 de outubro de 2012

Perguntas e respostas sobre operon lac

Caros.
Um dos alunos me enviou umas perguntas e respostas sobre operon lac. Li e envio minhas observações.
Paulo


1) Quando a glicose está presente e lactose ausente, o operon não é transcrito, Na ausência da lactose as moléculas de repressor presentes (produtos do gene i) vão se ligar ao operador impedindo que a RNApol se ligue ao promotor silenciando a expressão do operon. (esta segunda parte está quase correta - falha a conclusão final, depois da última vírgula -  mas não tem nada a ver com o fato de, na ausência da lactose, o operon não ser transcrito)  A glicose diminui os niveis de cAMP pois a enzima que produz cAMP é inibida. Sem o cAMP a proteína CAP (proteína que ligada ao cAMP se associa a um sítio acima do promotor permitindo uma ligação mais rápida da RNApol) não tem nenhuma influencia na expressão do operon lac, pois o CAP só terá influencia sobre a expressão do genes quando estiver ligada a cAMP. o CAP sozinho não não consegue se ligar ao DNA para acelerar a ligação da RNApol, então não ocorrera a transcrição do genes Lac y, Lac Z e Lac A.(a ocorrência da transcrição não depende do CAP, ele só modula a expressão - mais ou menos - mas não liga ou desliga o operon)

2) Quando a glicose está ausente e a lactose presente a proteína repressora é inativa pela ligação de um produto do metabolismo da lactose que é a alolactose. Inicia-se então a transcrição dos genes LacZ, Lac Y E Lac A, formando-se um mRNA policistronico (esteja ou não presente a glicose, quem comanda a transcrição é a lactose! A glicose, como dito, só modula a experessão - maior sem ela, menor com ela) . Esse mRNA é imediatamente traduzido para formar três enzimas da via de degradação da lactose, a beta-gal, a permease e a transacetilase, a beta-gal degrada a lactose (retirei uma parte) e a permease aumenta muitas vezes a permeabilidade da célula a lactose. Assim a lactose é rapidamente assimilada e utilizada pela célula.  

Obs: Professor outra situação que pode acontecer aqui também é que quando a bactéria não tem glicose para degradar, ela passa por fome celular, os níveis de cAMP vão aumentar (quando não tem glicose os níveis de cAMP aumentam) , este cAMP se liga a proteína CAP, a RNApol vai se ligar rapidamente ao promotor,  permitindo uma expressão aumentada do operon que ira degradar a lactose. (Perfeito, mas só se houver lactose, pois do contrário o operon está reprimido)

3) Quando a glicose e a lactose estão presentes, o operon lac é reprimido pois a glicose é uma fonte de energia mais fácil digestão (errado: a lactose é quem “abre e fecha o operon”, a glicose só modula a expressão quando o operon está “aberto”, isto é, desreprimido pela presença de lactose). Então mesmo estando lactose presente não ocorre transcrição do operon, então o repressor se liga ao operador impedindo que a RNApol se ligue ao promotor, então os genes Lac Z, Laz Y e Lac A não são transcritos.(como dito, errado: na presença de glicose o aumento de expressão do gene lacZ induzido pela lactose é de umas 10 vezes. Na ausência de glicose este aumento pode se de 10 mil vezes. Mas há sempre um aumento quando adiciono lactose. A glicose NÃO É um repressor, mas um “modulador” da expressão gênica).

Notas reposição e uma final

Reposição

Josias Barbosa------------3,8
Lawrence Silva...................8,5
Amélia César......................6,5
Rafael P. da Silva..............6,0


Final

Caio Rocha.....................4,8


domingo, 21 de outubro de 2012

Notas da primeira prova, revistas (GenMol 2012.1)

Amélia
4,7      
Ana Carolina
10,0    
Ariadne
2,7      
Caio
5,5      
Camila Gabriela
8,0      
Camila Morais
3,8      
Carlos Messias
7,3
Danilo
2,0      
Débora
5,2      
Fábio
3,9      
Gustavo Costa
5,4      
Gustavo Barros
1,1      
Handerson
2,1      
Hevana
3,8      
Isabela
9,9      
Jessyka
4,4      
Karolina
4,9      
Kenia
2,7      
Lawrence
2,0      
Leonardo
5,0      
Lucas
8,8      
Marcela
5,1      
Mateus
2,7      
Millena
3,9      
Patricia
7,0      
Priscila
3,5      
Rafael Artur
6,9      
Rafael Pereira
5,0      
Rayssa Mayara
3,4      
Romero
2,6      
Rômulo Murilo
9,0      
Rômulo Silva
9,2      
Ronnond
4,2      
Tafarel
3,8      
Thais Andrade
9,7      
Thais Santos
5,9      
Thais Virgínia
3,0      
Thiago
5,3      
Victor
8,9      
Wanessa
9,5      
Wlisses
6,0      

GENETICA MOLECULAR 2012.1 NOTA3


               
AMELIA BENVINDA DE A. CESAR
4,3
ANA CAROLINA DE OLIVEIRA LUZ
7,7
CAIO CESAR DE ALMEIDA ROCHA
4,9
CAMILA GABRIELA DE FIGUEIREDO AZEVEDO
7,9
CAMILA SILVA MORAES
5,3
CARLOS MESSIAS DE MENDONÇA
7,5
DEBORAH CIBELLE DA SILVA LACERDA
8,2
GUSTAVO DA COSTA LIMA
5,2
GUSTAVO LIMA XIMENES DE BARROS
4,9
ISABELA HAZIN ANTUNES DE SOUZA
7,1
JESSYKA INGRID MAGNO DE OLIVEIRA
7,9
JOSIAS PEREIRA BARBOSA
5,9
KAROLINA MEDEIROS DE OLIVEIRA SANTOS
6,4
LAWRENCE ALCANTARA DA SILVA
6,2
LEONARDO DE LIMA FIDELIS
5,8
LUCAS RODRIGUES BUENO GALINDO
8,7
MARCELA BARBOSA D'EMERY
5,8
MATHEUS PESSOA DE MELO GOMES
4,7
MILLENA VIEIRA B NETO
4,1
MILTON MAGALHÃES VITURINO
4,1
PATRICIA MARIA DE SOUZA MELO
8,3
PRISCILA MIRELLY PONTES DA SILVA
7,0
RAFAEL ARTUR DE QUEIROZ CAVALCANTI DE SÁ
6,1
RAFAEL PEREIRA DA SILVA
7,9
RAYSSA MAYARA BISPO PEREIRA
7,3
ROMULO MURILO DO NASCIMENTO MORAES
8,5
ROMULO PESSOA E SILVA
9,1
RONNOND PEREIRA CORDEIRO
7,2
TAFAREL MEDEIROS DE MOREIRA
8,1
THAIS DE ANDRADE GOMES
7,3
THAIS SANTOS DA SILVA
5,9
THAIS VIRGINIA FIDELIS E SILVA
6,0
THIAGO VENTURA DE SOUSA
5,0
WLISSES HENRIQUE VELOSO DE CARVALHO DA SILVA
6,0


               
AMELIA BENVINDA DE A. CESAR
4,3
ANA CAROLINA DE OLIVEIRA LUZ
7,7
CAIO CESAR DE ALMEIDA ROCHA
4,9
CAMILA GABRIELA DE FIGUEIREDO AZEVEDO
7,9
CAMILA SILVA MORAES
5,3
CARLOS MESSIAS DE MENDONÇA
7,5
DEBORAH CIBELLE DA SILVA LACERDA
8,2
GUSTAVO DA COSTA LIMA
5,2
GUSTAVO LIMA XIMENES DE BARROS
4,9
ISABELA HAZIN ANTUNES DE SOUZA
7,1
JESSYKA INGRID MAGNO DE OLIVEIRA
7,9
JOSIAS PEREIRA BARBOSA
5,9
KAROLINA MEDEIROS DE OLIVEIRA SANTOS
6,4
LAWRENCE ALCANTARA DA SILVA
6,2
LEONARDO DE LIMA FIDELIS
5,8
LUCAS RODRIGUES BUENO GALINDO
8,7
MARCELA BARBOSA D'EMERY
5,8
MATHEUS PESSOA DE MELO GOMES
4,7
MILLENA VIEIRA B NETO
4,1
MILTON MAGALHÃES VITURINO
4,1
PATRICIA MARIA DE SOUZA MELO
8,3
PRISCILA MIRELLY PONTES DA SILVA
7,0
RAFAEL ARTUR DE QUEIROZ CAVALCANTI DE SÁ
6,1
RAFAEL PEREIRA DA SILVA
7,9
RAYSSA MAYARA BISPO PEREIRA
7,3
ROMULO MURILO DO NASCIMENTO MORAES
8,5
ROMULO PESSOA E SILVA
9,1
RONNOND PEREIRA CORDEIRO
7,2
TAFAREL MEDEIROS DE MOREIRA
8,1
THAIS DE ANDRADE GOMES
7,3
THAIS SANTOS DA SILVA
5,9
THAIS VIRGINIA FIDELIS E SILVA
6,0
THIAGO VENTURA DE SOUSA
5,0
WLISSES HENRIQUE VELOSO DE CARVALHO DA SILVA
6,0