Roteiro para uso do ClustalW e visualização no Treeview
Exemplo com sequências de proteínas de primatas
Nosso objetivo é selecionar sequências de proteínas de
primatas que são similares à HSP70 humana (presumivelmente têm a mesma função)
e, empregando estas sequências, procurar avaliar se a árvore de distâncias
genéticas entre as sequências agrupa de forma relevante (isto é, da forma como
aceitamos pela taxonomia clássica) os primatas.
Para tal vamos começar com a sequência de HSP70 humana
selecionada a partir de uma busca no banco de proteínas do NCBI com o string
HSP70 Homo sapinens. O resultado traz muitas sequências, mas escolheremos a que
está mostrada abaixo:
heat shock protein 70 [Homo sapiens]
701 aa protein
Accession: AAA02807.1 GI: 292160
A partir da página da proteína clickamos à direita na opção RUN
BLAST. Assim que a página do Blastp abrir, escolheremos para Organism a opção
primates (inicie a digitação e aguarde para que a definição do táxon apareça)
e, quando o serviço estiver concluído, escolheremos sequências de HSP70 de
primatas que estejam aparentemente completas (com query coverage maior ou igual
a 99%). Para isso basta clicar nos quadradinhos à esquerda de cada sequência
escolhida, uma para cada primata, sem repetições. Uma vez feito isso podemos
baixar todas as sequências no formato FASTA num arquivo único (clique em
download, na linha acima da tabela e escolhafasta). O arquivo vem no formato .txt e vai se chamar
seqdump. Você vai encontrá-lo baixado em sues Downloads.
Você deve separar as sequências do arquivo com um espaço em
branco entre elas. Para isso procure o sinal de > e manualmente separe as
sequências. Também retire toda a informação depois do sinal de >, exceto no
nome da espécie, que deve não ter espaços (sugerimos colocar um underline entre
os dois nomes da espécie)
No final o aspecto ficará mais ou menos assim:
>Homo_sapiens
MSVVGIDLGFQSCYVAVARAGGIETIANEYSDRCTPACISFGPKNRSIGAAAKSQVISNAKNTVQGFKRFHGRAFSDPFV
EAEKSNLAYDIVQWPTGLTGIKVTYMEEERNFTTEQVTAMLLSKLKETAESVLKKPVVDCVVSVPCFYTDAERRSVMDAT
QIAGLNCLRLMNETTAVALAYGIYKQDLPRLEEKPRNVVFVDMGHSAYQVSVCAFNRGKLKVLATAFDTTLGGRKFDEVL
VNHFCEEFGKKYKLDIKSKIRALLRLSQECEKLKKLMSANASDLPLSIECFMNDVDVSGTMNRGKFLEMCNDLLARVEPP
LRSVLEQTKLKKEDIYAVEIVGGATRIPAVKEKISKFFGKELSTTLNADEAVTRGCALQCAILSPAFKVREFSITDVVPY
PISLRWNSPAEEGSSDCEVFSKNHAAPFSKVLTFYRKEPFTLEAYYSSPQDLPYPDPAIAQFSVQKVTPQSDGSSSKVKV
KVRVNVHGIFSVSSASLVEVHKSEENEEPMETDQNAKEEEKMQVDQEEPHVEEQQQQTPAENKAESEEMETSQAGSKDKK
MDQPPQCQEGKSEDQYCGPANRESAIWQIDREMLNLYIENEGKMIMQDKLEKERNDAKNAVEEYVYEMRDKLSGEYEKFV
SEDDRNSFTLKLEDTENWLYEDGEDQPKQVYVDKLAELKNLGQPIKIRFQESEERPNYLKN
>Pan_paniscus
MSVVGIDLGFQSCYVAVARAGGIETIANEYSDRCTPACISFGPKNRSIGAAAKSQVISNAKNTVQGFKRFHGRAFSDPFV
EAEKSNLAYDIVQLPTGLTGIKVTYMEEERNFTTEQVTAMLLSKLKETAESVLKKPVVDCVVSVPCFYTDAERRSVMDAT
QIAGLNCLRLMNETTAVALAYGIYKQDLPALEEKPRNVVFVDMGHSAYQVSVCAFNRGKLKVLATAFDTTLGGRKFDEVL
VNHFCEEFGKKYKLDIKSKIRALLRLSQECEKLKKLMSANASDLPLSIECFMNDVDVSGTMNRGKFLEMCNDLLARVEPP
LRSVLEQTKLKKEDIYAVEIVGGATRIPAVKEKISKFFGKELSTTLNADEAVTRGCALQCAILSPAFKVREFSITDVVPY
PISLRWNSPAEEGSSDCEVFSKNHAAPFSKVLTFYRKEPFTLEAYYSSPQDLPYPDPAIAQFSVQKVTPQSDGSSSKVKV
KVRVNVHGIFSVSSASLVEVHKSEENEEPMETDQNAKEEEKMQVDQEEPHVEEQQQQTPAENKAESEEMETSQAGSKDKK
MDQPPQAKKAKVKTSTVDLPIENQLLWQIDREMLNLYIENEGKMIMQDKLEKERNDAKNAVEEYVYEMRDKLSGEYEKFV
SEDDRNSFTLKLEDTENWLYEDGEDQPKQVYVDKLAELKNLGQPIKIRFQESEERPKLFEELGKQIQQYMKIISSFKNKE
DQYDHLDAADMTKVEKSTNEAMEWMNNKLNLQNKQSLTMDPVVKSKEIEAKIKELTSICSPVISKPKPKVEPPKEEQKNA
EQNGPVDGQGDNPGPQAAEQGTDTAVPSDSDKKLPEMDID
Etc...
Teremos que baixar também uma sequência de HSP70 de um
organismo não relacionado aos primatas e acrescentar no nosso arquivo de
sequências. Escolheremos a HSP70 do sapo africano Xenopus laevis.
Hsp70 protein [Xenopus laevis]
647 aa protein
Accession: AAH78115.1 GI: 50415517
O resultado apresenta quatro abas, sendo a da tela aquela
que mostra o alinhamento. Para ver a árvore clique em Guide tree. Role a tela e
abaixo das primeiras informações vai aparecer Phylogram. Aí, se o Java estiver
habilitado no seu computador, você poderá ver vários tipos de árvores. Nenhuma
delas é realmente bonita...
Para ver árvores mais elegantes, é precisosalvar o arquvi
que gera as árvores. Clique na aba Guide tree e depois em Download guide tree
(com o botão direito) e salve o arquivo (a extensão será .dnd)onde possa recuperar
depois. Este arquivo será lido pelo Treeview.
Instale o programa no seu computador. Não sabemos se
funcionará num tablet.
Ao abrir o programa, é preciso escolhe File --- Open e procurar
onde o arquivo . dnd gerado pelo ClustalW foi gravado. Quando abrir, várias
opções de árvores estarão disponíveis. Experimente todas elas.
Procure identificar cada espécie (use o Google) e veja se a
árvore faz sentido. Depois inspecione as sequências escolhidas e veja se alguma
parece estranha: muito curta ou muito longa em relação às demais. Retire as
sequências discrepantes e repita o ensaio.
