terça-feira, 3 de junho de 2014

As origens dos vírus

Este texto foi traduzido de Scitable, Nature Education, por Genpeace. Nossas observações estão em vermelho. Recentemente foi descoberto um mimivirus (virus gigante) em uma ameba na região amazônica. A notícia está em http://cibiqui.blogspot.com.br/2014/06/virus-gigante-na-amazonia_3.html 

O link para a página da Nature Education é 
http://www.nature.com/scitable/topicpage/the-origins-of-viruses-14398218

Por: David R. Wessner, Ph.D. (Dept. of Biology, Davidson College) © 2010 Nature Education 
Como citar: Wessner, D. R. (2010) The Origins of Viruses. Nature Education 3(9):37

Como os vírus evoluem? Eles são uma forma simplificada de algo que existiu há muito tempo, ou um ponto culminante final de elementos genéticos menores unidos ao longo da evolução?

A história evolutiva do vírus representa um tópico fascinante, embora obscuro, para virologistas e biólogos celulares. Devido à grande diversidade entre os vírus, os biólogos têm grandes dificuldades em alcançar uma forma de classificar adequadamente estas entidades e de relacioná-las com a árvore convencional que representa a organização das várias formas de vida. Os vírus podem representar elementos genéticos que ganham a habilidade de se mover entre as células. Eles podem representar organismos que eram previamente de vida livre e que se tornaram parasitas. Eles podem ser os precursores da vida como a conhecemos.

Biologia básica dos vírus
Sabemos que os vírus são bastante diversificados. Ao contrário de todas as outras entidades biológicas, alguns vírus, como o poliovírus, têm genomas de RNA e alguns, como o herpesvírus, têm genomas de DNA. Além disso, alguns vírus (como o vírus da gripe) têm genomas de fita simples, enquanto outros (como a varíola) têm genomas de fita dupla. Suas estruturas e estratégias de replicação são igualmente diversas. No entanto, os vírus de fato compartilham algumas características: Primeiro, eles geralmente são muito pequenas, com um diâmetro de menos de 200 nanômetros (nm). Em segundo lugar, eles podem replicar somente dentro de  uma célula hospedeira. Em terceiro lugar, nenhum vírus conhecido contém ribossomos, um componente necessário da maquinaria de tradução (síntese proteica) de uma célula.

Os vírus são seres vivos?

Para analisar esta questão, precisamos ter uma boa compreensão do que queremos dizer com "vida". Embora as definições específicas possam variar, os biólogos geralmente concordam que todos os organismos vivos apresentam diversas propriedades fundamentais: eles podem crescer, reproduzir, manter uma homeostase interna, responder a estímulos, e realizar vários processos metabólicos . Além disso, as populações de organismos vivos evoluem ao longo do tempo.

Os vírus estão em conformidade com esses critérios? Sim e não. Nós todos provavelmente percebemos que os vírus se reproduzem de alguma forma. Nós podemos ser infectados com um pequeno número de partículas de vírus - pela inalação de partículas expelidas quando outra pessoa tosse, por exemplo- e depois ficam doentes vários dias mais tarde, com os vírus replicando dentro de nossos corpos. Da mesma forma, todos percebemos que os vírus evoluem ao longo do tempo. Precisamos ser vacinados contra a gripe todos os anos principalmente devido as mudanças do vírus da influenza, que evolui de um ano para o outro (Nelson & Holmes 2007).

Os vírus, no entanto, não fazem os processos metabólicos. Mais notavelmente, os vírus diferem de todos os organismos vivos porque não podem gerar ATP . Os vírus também não possuem o maquinário necessário para a tradução, como mencionado acima. Eles não possuem ribossomos e não pode formar proteínas independentemente a partir de moléculas de RNA mensageiro. Devido a estas limitações, o vírus pode replicar somente numa célula hospedeira viva. Portanto, os vírus são parasitas intracelulares obrigatórios. De acordo com uma definição rigorosa de vida , eles são não vivos . Nem todos, porém, concordam necessariamente com essa conclusão. Talvez vírus representem um tipo diferente de organismo na árvore da vida - os organismos de codificação do capsídeo , ou CEOs (Figura 1 ; Raoult & Forterre 2008) (em contraste com os outros, que codificam ou produzem uma membrana, que delimita fisicamente a célula)


Figura 1: Os vírus e a arvora da vida
Embora a maioria dos biólogos julgue que os vírus não são seres vivos, alguns argumentam que os vírus poderiam ser incluídos na árvore da vida. Eles argumentam que os organismos deveriam ser divididos em organismos que codificam ribossomos (REOs) (e que também são organizados em células) e organismos que codificam um capsídeo (CEOs). As eubactérias, as arqueobactérias e os eucariotos são REOs; os vírus são CEOs © 2008 Nature Publishing Group Raoult, D. & Forterre, P. Redefining viruses: lessons from Mimivirus. Nature Reviews Microbiology 6, 315–319 (2008). Todos os direitos reservados.

De onde vêm os vírus?
Há muito debate entre virologistas sobre esta questão. . Três hipóteses principais foram formuladas: 1ª.) A hipótese progressiva ou hipótese de fuga, afirma que os vírus surgiram a partir de elementos genéticos que ganharam a habilidade de se mover entre as células; 2ª.) a hipótese regressiva, ou hipótese  de redução, afirma que os vírus são restos (ou vestígios) de organismos celulares ; e  a 3ª.  hipótese dos vírus primeiro afirma que os vírus são anteriores ou coevoluíram com seus atuais hospedeiros celulares.

A hipótese progressiva


Figura 2: Replicação de retrovírus
Logo que o retrovírus entra na célula hospedeira, a transcriptase reversa converte o genoma viral de RNA em uma fita dupla de DNA. Este DNA viral migra então para o núcleo e se integra no genoma da célula hospedeira, Os genes virais são transcritos e traduzidos. Novas partículas virais são então montadas (contendo o RNA viral), saem da célula e pode infectar outra célula.
© 2005 Nature Publishing Group Pommier, Y., Johnson, A. A., & Marchand, C. Integrase inhibitors to treat HIV/AIDS. Nature Reviews Drug Discovery 4, 236–248 (2005). Todos os direitos reservados.




Figura 3: Replicação de retrotransposons semelhantes a vírus
As RNA polimerases celulares transcrevem os retrotransposons (que fazem parte de seus genomas), formando uma cópia em RNA do elemento genético. Após a tradução, a transcriptase reversa (codificada pelo retrotransposon) converte o RNA do retrotransposon em uma fita dupla de DNA. Esta cópia em DNA do retrotransposon é então integrada, numa nova posição, no genoma da mesma célula (a integrase é codificada também pelo retrotransposon). © 2001 Nature Publishing Group Hurst, G. D. D. & Werren, J. H. The role of selfish genetic elements in eukaryotic evolution. Nature Reviews Genetics 2, 597–606 (2001). Todos os direitos reservados.


De acordo com esta hipótese, os vírus originaram-se  através de um processo progressivo . Elementos genéticos móveis, pedaços de material genético capaz de se mover dentro de um genoma, ganharam a habilidade de sair de uma célula e entrar em outra. Para conceituar essa transformação, vamos examinar a replicação do retrovírus, a família de vírus ao qual pertence o HIV.
Os retrovírus têm um genoma formado por um RNA fita simples. Quando o vírus entra na célula hospedeira, uma enzima viral, a transcriptase reversa, converte o RNA fita simples em DNA fita dupla. Este DNA viral migra para o núcleo da célula hospedeira. Outra enzima viral, a integrase, insere o DNA viral recém formado no genoma da célula hospedeira . Genes virais podem a partir daí ser transcritos e traduzidos. RNA polimerase da célula hospedeira pode produzir novas cópias fita simples do genoma de RNA do vírus . Então, os vírus da progênie (a nova geração de vírus) são encapsulados (ganham sues capsídeos)  e saem da célula para começar o processo de novo ( Figura 2 ) .

Este processo reflete muito de perto o movimento de um componente importante, embora um pouco fora do comum, da maioria dos genomas eucarióticos : o retrotransposon . Estes elementos genéticos móveis constituem surpreendentemente 42% do genoma humano (Lander et al. 2001) e podem se mover dentro do genoma através da síntese de um intermediário de RNA. Tal como retrovírus , certas classes de retrotransposons , os retrotranspossons virais, codificam uma transcriptase reversa e , muitas vezes , uma integrase . Com estas enzimas , estes elementos podem ser transcritos em RNA, transformados de volta em DNA por transcrição reversa, e depois integrados num novo local no genoma (Figura 3) . Podemos especular que a aquisição de algumas proteínas estruturais poderia permitir que o elemento saísse de uma célula e entrasse noutra, tornando-se assim um agente infeccioso. De fato, as estruturas genéticas de retrovírus e dos retrotransposons virais mostram semelhanças notáveis.

A Hipótese regressiva

Em contraste com o processo progressivo que acabamos de descrever, os vírus podem ter-se originado  através de um processo regressivo ou redutor. Os microbiologistas geralmente concordam que certas bactérias, que são parasitas intracelulares obrigatórios como espécies de Chlamydia e Rickettsia, evoluíram a partir de ancestrais de vida livre. De fato, estudos genômicos indicam que as mitocôndrias das células eucarióticas (que foram organismos de vida livre, tornaram-se simbiontes e agora são organelas) e Rickettsia prowazekii pode compartilhar um ancestral comum de vida livre (Andersson et al. , 1998). Segue-se, então, que os vírus existentes podem ter evoluído a partir de organismomais complexo, possivelmente de vida livre, que perderam informação genética ao longo do tempo à medida que adotaram uma abordagem parasitária (isto é, usando ribossomos e outros componentes celulares – nota do tradutor) para sua replicação.

Os vírus de um grupo particular, os grandes vírus nucleo-citoplasmáticos de DNA (NCLDVs) , ilustraram ainda melhor esta hipótese. Esses vírus, que incluem os vírus da varíola e o recém-descoberto gigante de todos os víru , o Mimivírus , são muito maiores do que a maioria dos vírus (La Scola et al. 2003). Um poxvírus típico em forma de tijolo, por exemplo, pode ter 200 nm de largura e 300 nm de comprimento. Com cerca de duas vezes esse tamanho, o Mimivírus apresenta um diâmetro total de cerca de 750 nm (Xiaoet al. , 2005). Por outro lado, as partículas do vírus da gripe, de forma esférica, podem ser apenas de 80 nm de diâmetro  e partículas de poliovírus têm um diâmetro de apenas 30 nm , aproximadamente 10.000 vezes menores do que um grão de sal . Os NCLDVs também possuem grandes genomas: assim, os genomas dos poxvírus muitas vezes se aproximam de 200.000 pares de bases  e os Mimivírus têm um genoma de 1,2 milhões de pares de bases (maior do que o das riquétsias e outras bactérias intracelulares – nota do tradutor), enquanto os poliovírus têm um genoma de apenas 7.500 nucleotídeos . Além de seu grande tamanho , o NCLDVs tem maior complexidade do que os outros vírus menores e dependem menos do seu hospedeiro para replicação do que outros vírus. Os genomas dos poxvírus , por exemplo , codificam um grande número de enzimas virais e fatores relacionados que permitem ao vírus produzir RNA mensageiro funcional dentro do citoplasma da célula hospedeira,

Devido ao tamanho e complexidade de NCLDVs, alguns virologistas levantaram a hipótese de que estes vírus podem ser descendentes de ancestrais mais complexas. Segundo os defensores dessa hipótese, os organismos autônomos (de vida livre– nota do tradutor) inicialmente desenvolveram uma relação simbiótica com a célula hospedeira. Ao longo do tempo , a relação virou parasitária, na medida em que o organismo se tornava mais e mais dependente do outro. À medida que se tornava mais dependente do hospedeiro, ia também perdendo genes previamente essenciais. Eventualmente, o organismo acabou incapaz de se replicar independentemente , tornando-se um parasita intracelular obrigatório, um vírus. A análise do genoma e do modo de vida so gigante Mimivírus pode apoiar esta hipótese. Este vírus contém um repertório relativamente grande de genes putativos associados a tradução - genes que podem ser restos de um sistema de tradução anteriormente completo . Curiosamente, os Mimivírus não diferem muito de bactérias parasitas , como a Rickettsia prowazekii (Raoult et al. , 2004).

A Hipótese do vírus primeiro


Figura 4: Vírus como precursores da vida organizada em células
Ao invés de terem tido origem em células previamente existentes ou de elementos genéticos celulares (uma forma mais primitiva e simples de célula), os vírus poderiam ter existido antes mesmo da vida organizada em células. Unidades auto-replicadoras da virosfera primitiva poder ter ganho a capacidade de formar membranas e paredes celulares, levando à posterior evolução dos três domínios da Vida (Eukarya, Bacteria e Archea). Os vírus então continuaram evoluindo dentro de seus hospedeiros também em evolução. © 2006 Nature Publishing Group Prangishvili, D. et al. Viruses of the Archaea: a unifying view. Nature Reviews Microbiology 4, 837-848 (2006). Todos os direitos reservados.

Ambas as hipóteses progressiva e regressiva assumem que as células existiam antes vírus. E se os vírus existissm primeiro? Recentemente, vários investigadores propuseram que os vírus podem ter sido as primeiras entidades replicadoras. Koonin e Martin (2005) postularam que os vírus existiam em um mundo pré-celular como unidades auto-replicantes (acredita-se que, antes das células contendo DNA como mensageiro genético, reações bioquímicas complexas abióticas eram comandadas por informações derivadas de RNAs primitivos, no que se convencionou chamar de Mundo a RNA. Neste ambiente vírus poderiam se replicar sem células – observações do tradutor). Com o tempo, essas unidades , segundo eles argumentam, tornaram-se mais organizadas e mais complexas. Eventualmente, as enzimas para a síntese das membranas e paredes celulares evoluiram , resultando na formação de células. Os vírus, então, poderiam ter existido antes das eubactérias, arqueobactérias e eucariontes (Figura 4 ; . Prangishvili et al 2006).

A maioria dos biólogos concorda que as primeiras moléculas replicantes consistiam de RNA, e não DNA (a síntese abiótica de RNA é possível, mas não a DNA – nota do tradutor). Sabemos também que algumas moléculas de RNA, as ribozimas , exibem propriedades enzimáticas e podem catalisar reações químicas. Talvez algumas moléculas simples de RNA que podiam se replicar, existentes antes da primeira célula ser formada , desenvolveram a capacidade de infectar as primeiras células . Poderiam os  vírus de RNA fita simples de hoje ser descendentes dessas moléculas de RNA pré células (originárias de um mundo pré-biótico – nota do tradutor)?

Outros têm argumentado que os precursores dos NCLDVs de hoje deram origem às células eucarióticas. Villarreal e DeFilippis (2000) e Bell ( 2001) descreveram modelos explicando esta proposta. Os dois grupos postulam que o núcleo atual das células eucarióticas talvez tenha surgido a partir de um evento endosimbiótico em que um vírus de DNA complexo, envolto por membrana, tornou-se um residente permanente de uma célula eucariótica emergente.

Talvez nenhuma hipótese esteja correta
De onde os vírus vieram não é uma pergunta fácil de responder . Pode-se argumentar bastante convincentemente de que certos vírus, tais como os retrovírus, surgira através de um processo progressivo: alguns elementos genéticos móveis teriam ganho a habilidade de viajar entre as células , tornando-se agentes infecciosos. Pode-se também argumentar que os vírus grandes de DNA surgiram através de um processo regressivo, em que entidades outrora independentes perderam genes-chave ao longo do tempo e adotaram uma estratégia de replicação parasitária. Finalmente, a ideia de que os vírus deram origem à vida como a conhecemos apresenta possibilidades muito interessantes. É possível que os vírus de hoje tenham surgido várias vezes, através de vários mecanismos. Talvez mesmo todos os vírus tenham surgido através de um mecanismo ainda a ser descoberto. A pesquisa básica de hoje em campos como a microbiologia, genômica e biologia estrutural podem nos fornecer respostas a esta questão básica.

Resumo
A análise das origens da vida fascina os cientistas e o público em geral. Compreender a história evolutiva dos vírus pode lançar alguma luz sobre este assunto interessante. Até à data, não existe uma explicação clara para a(s) origem(s) dos vírus. Os vírus podem ter surgido a partir de elementos genéticos móveis que ganharam a capacidade de mover-se entre células. Eles podem ser descendentes de organismos anteriormente de vida livre que se adaptaram a uma estratégia de replicação parasitária. Talvez ainda os vírus já existissem antes das células, e levaram ao surgimento destas. Estudos futuros podem nos fornecer respostas mais claras. Ou podem revelar que a resposta é ainda mais sombria do que parece agora.

Referências e Leituras Recomendadas

Andersson, S. G. E. et al. The genome sequence of Rickettsia prowazekii and the origin of mitochondria. Nature 396, 133–143 (1998) doi:10.1038/24094.
Bell, P. J. L. Viral eukaryogenesis: Was the ancestor of the nucleus a complex DNA virus? Journal of Molecular Evolution 53, 251–256 (2001) doi:10.1007/s002390010215.
Koonin, E. V. & Martin, W. On the origin of genomes and cells within inorganic compartments. Trends in Genetics 21, 647–654 (2005).
Lander, E. S. et al. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 409, 860–921 (2001) doi:10.1038/35057062.
La Scola, B. et al. A giant virus in Amoebae. Science 299, 2033 (2003) doi:10.1126/science.1081867.
Nelson, M. I. & Holmes, E. C. The evolution of epidemic influenza. Nature Reviews Genetics 8, 196–205 (2007) doi:10-1038/nrg2053.
Prangishvili, D., Forterre, P. & Garrett, R. A. Viruses of the Archaea: A unifying view. Nature Reviews Microbiology 4, 837–848 (2006) doi:10.1038/nrmicro1527.
Raoult, D. & Forterre, P. Redefining viruses: Lessons from mimivirus. Nature Reviews Microbiology 6, 315–319 (2008) doi:10.1038/nrmicro1858.
Raoult, D. et al. The 1.2-megabase genome sequence of Mimivirus. Science 306, 1344–1350 (2004) doi:10.1126/science.1101485.
Villarreal, L. P. & DeFilippis, V. R. A hypothesis for DNA viruses as the origin of eukaryotic replication proteins. Journal of Virology 74, 7079–7084 (2000).
Xiao, C. et al. Cryo-electron microscopy of the giant Mimivirus. Journal of Molecular Biology 353, 493–496 (2005) doi:10.1016/j.jmb.2005.08.060.


quarta-feira, 14 de maio de 2014

Links para texto de apoio

Cap 7       Replicação do DNA  ----------- -------  https://www.dropbox.com/l/ZpLJMzwpyZqvDJCbf2LXAn  
Cap 8       Transcrição e iRNA ---------------------https://www.dropbox.com/l/UX1ACTVfbi5qfXwFHYJEtu
Cap 9       Tradução --------------------------------- https://www.dropbox.com/l/ag7Hm8CSLxQ4PTvaWoa0du
Cap 10     Controle da expr. gên. procariotos ---- https://www.dropbox.com/l/fKmN4AOyDiL6XYcACeK3ot
Cap 11     Controle da expr, gên. eucariotos ----- https://www.dropbox.com/l/mkt5AT6jqceEMjabFrdjOt


Cada arquivo tem cerca de 17 Mbytes. Ficarão na página até segunda, dia 19 de maio, às 8:00.

sábado, 10 de maio de 2014

TAREFA E EXERCÍCIOS DO ESTUDO DIRIGIDO DE Segunda Feira, Dia 12 de Maio de 2014

I)                   Tarefa
Identificar as diferenças entre o que foi falado em sala de aula (ou está na página Biolmol ou no Blog GenMol) e o que está no livro em relação ao controle da expressão gênica em procariotos

II)           Exercícios propostos

1.                    Há duas formas de agrupar os seres vivos a partir de seu ancestral comum, o progenoto. Quais são elas?

2.                   Os experimentos de Griffith e de Avery e cols. apontam o DNA como reservatório da informação genética. Aponte as diferenças mais importantes entre eles (NÂO DESCREVA OS EXPERIMENTOS!)

3.                   Na estrutura do DNA as bases estão voltadas para dentro da fita. Que vantagem existe nisso para a conservação da informação genética?

4.                   Quando o DNA é replicado, um complexo de enzimas e proteínas entra em ação, chamado replicossomo. Quais são as enzimas e proteínas deste complexo e suas funções?

5.                   Devido à ausência de atividade 3´-5´ polimerásica, as DNA polimerases não conseguem replicar as extremidades de cromossomos lineares de DNA fita dupla. Nos eucariotos esta função é de uma enzima em particular. Qual seu nome e como funciona (descreva de forma sucinta).

6.                   Há muitos tipos de RNA na célula eucariota; designe três deles e descreva brevemente suas funções na célula? 

7.                   Porque a transcrição não pode ser acoplada à tradução nos eucariotos?

8.                   No processo de splicing diferentes mRNAs maduros podem ser gerados. O que não pode ocorrer neste processo?

9.                   A síntese proteica se inicia diferentemente nos procariotos e eucariotos. Onde reside a diferença?

10.                Qual é o verdadeiro “tradutor” do código genético na célula?

11.                 Se o código genético é universal, porque um mRNA contendo num gene de procarioto pode ter uma expressão muito reduzida num eucarioto, mesmo sob comando de um promotor eucarioto constitutivo forte?

12.                Nos procariotos, o controle da expressão gênica depende da ligação de proteínas ao DNA. Como se chama este sítio de ligação e como atua esta proteína? (seja genérico, não dê exemplos de controles de genes específicos).

13.                Qual a diferença fundamental de atuação entre um promotor eucarioto e um procarioto?

14. Na ausência de vírus ou outros agentes infecciosos, qual é o alvo final da interferência de RNA?
a)  a fita sense do DNA
b)  a fita molde de certo gene
c)  o cDNA de determinado gene
d)  o mRNA de algum gene
e)  a fita dupla de DNA de algum gene, quando desnaturada

 15. O mecanismo de vazamento do operon lac garante seu funcionamento porque:
a)  permite um suprimento basal de b-galactosidase, essencial para manter níveis de ATP mínimos na célula;
b)  permite uma síntese de pequenas quantidades de permease que garante a entrada na célula da lactose, indutor do sistema;
c)  permite a eficiente degradação da lactose que entrar na célula, antes mesmo da síntese de novo de beta-galactosidase;
d)  permite que a produção do repressor seja interrompida pela entrada de pequenas quantidades de lactose;
e)  permite que a degradação do repressor ocorra sempre que houver lactose no meio de cultura.

16. Os eucariotos podem, em muitos casos, formar várias proteínas a partir de um único gene porque:
a) têm um processo de glicosilação da proteína após a tradução.
b) retiram exons do mRNA maduro, após o processo de splicing.
c) adicionam exons de outros genes aos do gene que está sendo processado.
d) têm o recurso do splicing alternativo.
e) podem induzir a hipermutação somática.

17. Indique se as afirmações sobre as várias etapas de regulação gênica em eucariotos são verdadeiras (V) ou falsas (F).
a) a alteração da cromatina é irrelevante
b) a formação do complexo transcricional é a etapa mais importante no controle da expressão gênica
c) no processamento do mRNA o splicing alternativo é responsável pela expansão do proteoma
d) após a produção do mRNA, a célula obrigatoriamente produzirá a proteína codificada
e) a partir de um mRNA maduro pode-se produzir proteínas distintas por processamento da cadeia polipeptídica original

18. Que propriedades da estrutura do DNA são importantes para a conservação da informação genética? Justifique

19. Os experimentos de Avery e cols e de Griffith empregaram a mesma bactéria para inferir que o DNA era o mensageiro da informação genética. Mas suas metodologias eram muito diferentes. Indique qual  item não corresponde à metodologia de Avery e cols;
a) o uso de DNAse
b) a purificação do DNA
c) a morfologia de colônias
d) a infecção de camundongos
d) o uso de RNAse

20. Porque são formados os fragmentos de Okazaki?

21. O que distingue, do ponto de vista funcional, um promotor bacteriano típico de um promotor eucarioto?

22. Para a formação de um grampo determinação, para a determinação do sítio de ligação de repressores no operador e para muitas outras funções as bactérias e mesmo os eucariotos usam uma sequência no DNA que tem uma característica bem marcante. Qual dos itens abaixo a descreve melhor?
a) uma sequência com duas caixas de consenso distintas
b) uma sequência contendo duas regiões conservadas repetidas em tandem (isto é, uma após a outra)
c) uma sequência cuja fita simples num sentido é idêntica à fita simples no outro, conhecida como palíndromo.
d) uma sequência que permite a ligação  de fatores de iniciação da transcrição, não importando qual sua sequência exata de bases.
e) uma sequência contendo um trecho que aparece repetido, mas invertido, separado do inicial por algumas bases.

23. Por que os aminoácidos mais frequentes tem mais códons sinônimos?

24. O que ocorre com a proteína sintetizada se no meio da ORF de seu gene (supondo ausência de introns) retiramos uma base? Justifique sua resposta.

25. Porque o splicing pode aumentar o proteoma sem expandir simultaneamente o genoma?
a) porque ele permite a clivagem alternativa de proteínas após sua síntese
b) porque ele permite que exons sejam selecionados na forma final do mRNA
c) porque ele permite que o DNA seja rearranjado no nível das células somáticas.
d) porque  ele gera sítios alternativos de início da transcrição no genoma
e) porque  ele gera sítios alternativos de início da tradução no transcriptoma

26. Em relação ao operon lac, descreva (fornecendo detalhes) como a bactéria modulara a expressão do RNA policistrônico nas três situações abaixo, considerando a presença ou não de açúcares no meio: a) glicose presente, lactose ausente; b) glicose e lactose presentes; c) sem glicose, com lactose.
Sem gabarito

27. Explique de forma curta o que é atenuação (que aparece no operon tryp) e porque ela existe. Não detalhe o mecanismo molecular, mas deixa claro a generalidade dele.
Sem gabarito

28. O que aconteceria se uma célula fosse invadida por um vírus de RNA fita dupla, se ela tivesse as enzimas para a interferência de RNA, mas também tivesse um gene essencial contendo uma sequência com um trecho idêntico a um trecho  do genoma viral? Justifique sua resposta (obs.: gene essencial é aquele que, se inativado, leva à morte da célula)

29. Numa visão abrangente da regulação gênica em eucariotos, temos mecanismos que são claramente ajustados pela evolução (como a força dos promotores, nos procariotos) e outros que respondem às condições cambiáveis do ambiente ou às necessidades momentâneas da célula. Faça um esquema onde ao menos 5 destes mecanismos seja brevemente descritos.

30. No diagrama original do fluxo da informação gênica, Watson e Crick postularem que ele ia do DNA até a proteína. Onde este sentido foi violado? Onde não foi? Porque você acha que não aconteceu uma segunda violação?

                                             

segunda-feira, 17 de fevereiro de 2014

Gabarito da Terceira avaliação de Genética Molecular, realizada em 17 de fevereiro de 2014


A figura abaixo mostra o contexto genômico da sequência que contém um gene de alfa actina (ACTA1) de Homo sapiens e a distribuição de exons ao longo do gene, assim como os introns, como consta da página do gene. A partir da figura, responda:



Q1) O que você pode dizer da densidade de genes nesta região? (Justifique sua resposta com os números da figura). Ela está de acordo com o esperado para um cromossomo de mamífero?
Olhando a escala acima da figura que mostra a região, pode-se calcular que há mais de 220.000 pb para 6 genes, o que dá um gene para cada 36.000 pb. Esta densidade é muito mais baixa que o de uma bactéria, que está na faixa de um gene para cada 1.000 pb e é característica dos eucariotos complexos, especialmente mamíferos.

Q2) Quantos exons estão representados na figura? Este arranjo de exons e introns é típico de um gene eucarioto de organismo complexo? (Justifique sua resposta)
Sete exons (indicados em verde escuro), que correspondem aos seis introns mostrados mais abaixo. Olhando a escala o gene tem pouco menos de 3.000 pb e, portanto, é relativamente pequeno. Há apenas um intron grande, os outros são pequenos. Neste sentido, ele não é bem típico dos genes de eucariotos complexos, que têm longos introns em comparação com os exons.

A figura a seguir contém um conjunto de informações colhidas da página de nucleotídeo correspondente à parte da sequência genômica acima, desta vez contendo exclusivamente o gene ACTA1, denominada NC_000001. A partir da figura, responda:


Q3) Qual o tamanho do gene (em pares de base)? Como você encontrou este valor? Porque ele não coincide com o tamanho do lócus? O que provavelmente são as regiões excedentes?
2852 pb. Este valor pode ser obtido da diferença entre a última e a primeira base do gene + 1 base. O gene é menor do que o lócus porque este último contém bases antes e depois do gene, provavelmente representando um pequeno trecho das regiões intergênicas que flaqueiam o gene. 

Q4) Porque o gene e o mRNA têm o mesmo tamanho? Tem que ser sempre assim ou pode ser diferente em outros grupos de seres vivos?
Este gene foi definido a região que começa onde começa o mRNA e termina onde este termina. Assim, o gene corresponde, rigorosamente, ao transcrito primário (o mRNA + introns). Esta é uma definição possível de genes. Para os procariotos o gene geralmente é definido como a ORF...

Q5) Porque o mRNA está representado pela união de vários segmentos? O que eles representam? A que isso corresponde na figura anterior?
Porque o mRNA dos eucariotos superiores geralmente é formado pela retirada dos introns, gerando um conjunto de exons que devem ser unidos. Cada par de números separados por dois pontos é, portanto, um exon, que corresponde a um bloco verde na primeira figura.

Q6) Porque o CDS não inicia nem termina no mesmo lugar do mRNA? O que são estas diferenças e quais seus valores em pares de base?
O CDS nunca inicia nem termina nas extremidades de um mRNA. O códon de iniciação da tradução está sempre um pouco mais para dentro do mRNA e o códon de terminação da tradução também não é o último. Sempre há, portanto, duas extremidades não traduzidas no mensageiro, conhecidas com regiões 5´-UTR (no início do mRNA) e 3´-UTR (no fim do mRNA). Da base 429 a 1409 é a 5´-UTR, que tem portanto 981 pb. Da base 3025 a 3279 é a 3´-UTR, com 255 pb.

A próxima figura mostra informações selecionadas da página de proteína da actina. Observe com atenção os dados e responda:

Q7) A proteína necessita todos os códons potencialmente codificados na ORF (ou cds) da figura anterior para ser produzida? Por que?
A proteína tem seus aminoácidos codificados pelos códons (conjunto de 3 bases) da ORF no mRNA, menos pelo último códon, que é o códon de terminação da tradução e não leva à incorporação de um aminoácido na sequência da proteína.

A próxima figura mostra graficamente o encontro das sequências semelhantes ao gene da actina humana, como obtido pelo uso do blastn contra o banco de dados de nucleotídeos. A partir das informações mostradas na figura, responda:


Q8) Porque o mRNA do ser humano aparece formando trechos semelhantes ao gene, intercalados de trechos sem similaridade?
O mRNA não tem introns (que são seis) e, portanto, sua sequência só alinha com os exons do gene. Por isso há seis linhas finas, correspondentes aos espaços dos introns entre as regiões do mRNA que alinham com o gene (seis exons em vermelho e o último em violeta).

Q9) Considerando os resultados para os mRNAs de outros mamíferos apontados na figura, o que se pode concluir da organização deste gene nestas espécies? Por que?
Concluímos que este gene está organizado de forma similar nas várias espécies apontadas porque todos os mRNA têm o mesmo número de exons e seus tamanhos também são muito semelhantes.

 A figura abaixo mostra algumas informações colhidas do blastn, desta vez do  mRNA da alfa actina humana. Os alinhamentos mostram que muitos mRNA tem elevada semelhança com o mRNA humano, mesmo no caso de um roedor(Octodon) e da baleia(Orcinus),  os últimos clipados na tabela. Responda:


Q10) As antepenúltima e penúltima sequências (para cão e roedor) têm a mesma porcentagem de similaridade (92%), mas scores muito diferentes. Porque?
Porque o score é dependente do número de bases ou aminoácidos que estão sendo comparados, além dos acertos, erros e gaps. Na sequência do cão a cobertura é bem maior do que na sequência do roedor (98 contra 75%), logo ela é mais longa, o que, mantendo a mesma similaridade, dá mais pontos de acerto e, portanto, um score maior.

Q11) Observe abaixo o dendrograma obtidos das sequências de mRNA;  o que podemos dizer da separação dos primatas e dos demais grupos?
Os primatas estão bem separados de todos os demais grupos, embora haja certa confusão entre estes últimos: há dois grupos de roedores separados em chaves distintas e o esquilo acabou agrupado perto dos coelhos. Não é um bom filograma, de jeito nenhum, mas podia ser muito pior se fosse feito com a proteína, como mostrado na figura da questão seguinte.


Quando, no lugar de uma sequência de DNA, empregamos a sequência de aminoácidos da actina no blastp, observamos imediatamente que as sequências são muito semelhantes. Veja o resultado retirado deste blast, que mostra a primeira linha da comparação de sequências entre a actina humana e a da rã; veja também, logo a seguir, uma parte do filograma construído com as sequências encontradas. Em seguida responda as perguntas:




Q12)  Na comparação das duas sequências aparece uma terceira linha. O que representa cada uma delas (o blastp foi feito com a sequência da actina humana)? O que são os espaços em branco entre elas e os sinais de +?
A linha de cima representa a sequência que foi enviada para o blastp (neste caso, o gene da actina humana). É o que se chama “query”. A terceira linha representa a sequência encontrada, neste caso a actina de rã. O encontro é sempre chamado de “subject”. A linha de meio mostra apenas a comparação entre elas: quando as duas sequências têm o mesmo aminoácido na posição em análise, repete-se a sigla do aminoácido. Quando são diferentes, mas têm propriedades físico-químicas semelhantes, aparece um sinal de +. Por fim, quando os aminoácidos são totalmente distintos, resta um espaço em branco.

Q13)  Quando olhamos o trecho do filograma, o que podemos dizer da adequação desta sequência para inferir relações filogenéticas entre vertebrados? Por que?
Há um embaralhamento completo das espécies e, evidentemente, esta sequência de aminoácidos não se presta à análise filética, ao menos de vertebrados. A razão é que, sendo muito conservada entre distintas espécies, a proteína varia pouco em sequência de aminoácidos e os poucos aminoácidos diferentes entre as espécies próximas (vertebrados, neste caso) não permitem a construção da árvore (ou dendrograma), que depende muito destas diferenças.
Por fim, se quisermos investigar a maneira como se encontra o quadro aberto de leitura (ORF ou cds) no mRNA, podemos observar outra vez o mRNA da actina. A figura ao lado é o mRNA depositado no NCBI. Observe também o resultado do ORF Finder na figura abaixo e responda às perguntas:


Q14) A região 3´UTR está completa? Por que?
Está completa porque se pode observar a cauda poliA, que é adicionada sempre no fim do mRNA e, portanto, no fim da 3-UTR.

Q15) Qual deve ser a ORF correta? Por que?
A primeira. Porque é a maior dentre as que têm quadro de leitura positivo. A grande ORF na quarta barra está no quadro -1 (é a primeira da tabela à direita), mas ela implica na tradução do mRNA no sentido 3´- 5´, o que não ocorre nunca. (Em caso de dúvida, era só ver qual delas tem um comprimento que dá 377 aminoácidos + 1 códon: dividindo 1134 por 3, chegamos a 378. Heureka!)




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domingo, 16 de fevereiro de 2014

Analisando as ORFs de um mRNA

Considere a questão abaixo



Se você está analisando um mRNA, então só os três primeiros quadros de leitura, correspondentes às três primeiras barras, são possíveis. Os demais representam traduções no sentido contrário á sequência enviada e, claro, o mRNA não pode ser traduzido de trás prá frente nem existe um outro mRNA transcrito do gene no sentido oposto. Então, o mais provável é que o quadro correto seja o quadro +3, que tem a maior ORF (em verde). O que estiver à esquerda da ORF é a região 5´-UTR que, neste caso, é bem pequena. O que está à direita da ORF é a região 3´-UTR, que é um pouco maior. Esta conclusão deriva do fato de que o mRNA de um eucarioto sempre contém uma região não traduzida que antecede a ORF (ou cds) e sempre termina numa região 3´-UTR que aparece depois da cds.


Aqui não há a sequência do mRNA para análise. Se houvesse poderíamos dizer se a região 3´-UTR estaca completa: bastaria averiguar se há uma cauda poliA ao fim da sequência.

sexta-feira, 14 de fevereiro de 2014

Análise da região genômica da HSP70 humana (gene HSP4A)

Caros.

Como vimos na aula, esta região está no banco de dados GENE com a ID "Gene ID: 3308". O link direto é http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3308 .  A figura abaixo analisa as informações de comprimento de sequência é o que cada parte dela representa,

A sequência é um trecho do genoma humano, no cromossomo 5, entre a base 133051970 e a 133105017. Ao todo são  68962, mas a gente só vê isso na página do nucleotídeo correspondente a este trecho do genoma. O link pode ser acessado pela página do Gene, e vai direto por aqui: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000005.10?report=genbank&from=133044012&to=133112973 . Claro que vocês podem fazer a conta de subtrair e calcular quantas bases tem pelas posições do genoma.

A sequência toda contém o gene (que é igual ao transcrito), precedido e sucedido de regiões que não se diz o que são, mas que provavelmente são regiões intergênicas. Depois da região 5´-UTR começa a ORF,no primeiro ATG do transcrito (isso acontece quase sempre em eucariotos e vocês precisam saber porque). Nesta sequência estão também os introns! Portanto, o mRNA não é a sequência contínua, mas a soma dos exons. A ORF termina no códon de parada. Tudo isso está sinalizado na página do nucleotídeo, mas não aparece na página do gene. Por isso é importante associar as duas. O tamanho da ORF (sem os introns) pode ser calculado pelo tamanho da proteína, na página da proteína. Então, são três páginas que vocês têm que ter sempre associadas, neste caso.

Neste post eu não falo dos introns.


Vejam com atenção a figura abaixo, que é uma sinopse desta análise.