Roteiro para relatório
Para cada sequência:
1. Identificá-la - para tal faça um blastn contra o banco nr.
a) Você deve explicar os elementos mais importantes da página do Blast e o que vem a ser um blastn.
b) Em seguida deve mostrar os vários elementos da página de resultados do blast, comentando-os (inclusive a figura).
c) Deve também explicar o que são o score, o e-value a cobertura e a identidade.
d) Deve avaliar a conservação da sua sequência nos vários táxons. Para isso observe com atenção a tabela e,adicionalmente, o dendrograma que representa a árvore de distância dos resultados
e) Por fim você deve discutir detalhadamente a página do gene!
2. A partir da página do gene, encontre o link para a proteína que a sequência codifica.
a) Discuta detalhadamente a página do gene.
3. Com a sequência de nucleotídeos recebida vá ao ORF Finder e encontre a região codificante dela. Compare com os dados da proteína e verifique se está completa ou não.
4. Em seguida, a partir do ORF Finder, faça um blastp e comente:
a) os vários elementos da página de resultados do blastp. (inclusive a figura).
b) a conservação da sua sequência nos vários táxons. Para isso observe com atenção a tabela e, adicionalmente, o dendrograma que representa a árvore de distância dos resultados
c) O que representam as linhas no resultado do alinhamento pareado e o que é positividade.
5. Escolha 15 sequências de aminoácidos entre as mostradas no resultado do blastp e que tenham comprimento aproximadamente igual. Crie um arquivo txt com elas, no formato fasta, indicando apenas o organismo (se houver mais de uma sequência do mesmo organismo, use um número: ex. > Oryza_sativa-1;não deixe nunca espaços na linha de definição da sequência)
6. Com estas sequências crie um alinhamento global usando o ClustalW.
a) Avalie se há regiões mais conservadas que outras e teorize a razão
b) Observe no dendrograma se os vários táxons estão agrupados de forma coerente
c) Conclua sobre a conservação da sua sequência de aminoácidos e sua utilidade para separar as espécies que você escolheu.
Instruções para a geração do relatório.
a) Todas as afirmações devem estar justificadas por imagens capturadas da tela. Entretanto, evite colocar no seu relatório imagens desnecessárias. Escolha com critério, copie da tela (Print screen), cole no Powerpoint e recorte apenas o que é instrutivo. Cole noutro slide do Powerpoint, acrescente setas, balões, comentários, números ou letras e o que mais achar necessário, copie o conjunto e cole no seu Word. Faça uma legenda para cada figura, independentemente do que você possa ter discutido no texto.
b) Use espaço 1,5 para o texto e espaço 1 para legendas.
c) Entregue ser relatório impresso e envie uma cópia para canoadetolda@gmail.com, tudo no prazo previsto no novo cronograma deste blog.
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